这是本文档旧的修订版!
这里我们以固体表面的分子为例,演示精确旋转分子。旋转操作,需要告诉软件,旋转轴、旋转中心、旋转角度。
例如在MoS2表面的一个分子:
Edit → Tune Geometry…
选中 S-C 两个原子,点击底部的 “Orient⊥” 按钮,使得图中的 C-S 方向垂直于 MoS2 表面。
然后我们可以设定该 C 正下方的S原子为坐标原点(选中该S原子Edit → Set origin),然后设定S-C键方向设置为Z轴(依次选中S、C这两个原子,Edit → Align → Z-axis,注意一定要确保这个方向是垂直于平面,否则二维周期性体系的周期性会存在错误,二维平面的周期性是精确沿着XY平面的。当然如果是非周期性体系,就没有这个问题)。
我们将这个S原子(即原点)设为旋转中心,Z轴设为旋转轴: