这里我们以固体表面的分子为例，演示精确旋转分子。旋转操作，需要告诉软件，旋转轴、旋转中心、旋转角度。

例如在MoS2表面的一个分子：

通过反复多次设定不同方位的S-S-C键角为90°（最好是两个互相垂直的方向，如此操作几次，就可以了），使得图中的C-S方向垂直于MoS2表面。我们可以设定该C正下方的S原子为坐标原点（选中该S原子Edit → Set origin），然后设定S-C键方向设置为Z轴（依次选中S、C这两个原子，Edit → Align → Z-axis，注意一定要确保这个方向是垂直于平面，否则二维周期性体系的周期性会存在错误，二维平面的周期性是精确沿着XY平面的。当然如果是非周期性体系，就没有这个问题）。

我们将这个S原子（即原点）设为旋转中心，Z轴设为旋转轴：Edit → Tune Geometry…

选中要选中的分子（选中其中一个原子，然后ctrl m键选中整个分子），Angle中输入旋转的角度，例如10°：

点击右侧的黑色左按钮、右按钮，即可顺时针、逆时针旋转指定角度。用户不熟悉的时候，可以连续点击几次该旋转按钮，适应一下，即可熟悉。

该操作面板上也有精确平移操作按钮，用户可以自行探索用法。