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adf:restartofmd

这是本文档旧的修订版!


分子动力学的重启restart

注意两种重启的模式,所调用的轨迹文件不同。如果选择错误,作业会报错。

重启方式1:从最后一帧重启

Model - MD - Restart from,这里选择任务生成的*.results/ams.rkf,如果起始速度也要沿用之前作业的原子速度大小方向,可以在Initial velocity中设置From File并选择相同的*.results/ams.rkf:

修改步数,另存一个任务计算。

注意:

  1. 第一个作业如果步数设置为10万,第二个作业也设置为10万的话,就没有意义了,程序会选择直接结束,因为已经有10万步了。所以如果要接着算,应该设置更大的步数,例如20万,log文件中显示的步数信息也是从10万作为第0帧的信息。
  2. 该设置适合所有模块的分子动力学模拟。

重启方式2:选择某一帧重启

Model - Restart,读取*.results/MDstep*.rkf,其中*为之前任务的Step数,默认每隔1000步存一次重启点。因此可以从1000步的整数倍开始重启。这种方式重启,无法读取速度。

adf/restartofmd.1669167708.txt.gz · 最后更改: 2022/11/23 09:41 由 liu.jun

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