BAND可以处理真正的二维体系，在BAND中，二维材料（周期性设置为Main > Periodicity > Slab）上下表面外，均为半无限大的真空，而无需人为添加“增空层”。

需要强调的是：BAND也可以像平面波软件那样，使用三维周期性边界条件，通过添加真空层来处理二维材料，但这对BAND而言，是非常愚蠢的做法，因为这种做法既增大了计算量，又降低了精度。平面波程序之所以这样处理，是因为平面波程序，无法处理真正的二维材料，不得已只能用这种笨办法，用三维材料，仿冒二维材料。

这里，我们以$H_2$分子在$MoS_2$表面加氢过程为例。

第一步，通过势能面扫描，观察$H_2$分子逐渐靠近$MoS_2$中S原子的过程中，能量、结构的变化。实际上，这相当于做了一系列的限制性结构优化，限制的是S－H距离逐渐减小，其他原子自由地进行能量最小化。因此可以认为，如果限制条件设置得当，势能面扫描的过程，大致是沿着势能面中，反应物与产物之间，能量最低的“方向”前进的（我们这里有一个大前提，即只讨论单步反应。存在多步反应的情况，拆解为多个单步反应即可）。因此，扫描得到的势能面最高点，一般而言就在精确的过渡态结构附近。接下来，则可以从将结构作为过渡态结构的初始猜测，去搜索精确的过渡态结构。

第二步，计算该过渡态初始猜测结构的频率（只需要计算与反应相关的少数几个原子的频率即可），然后进行过渡态结构优化，得到真正精确的过渡态，也就是能量的一阶梯度趋近于0（默认阈值0.001）。

第三步，计算该结构，确认有且仅有一个虚频。

第四步，从虚频的振动模式（在产物倾向、反应物倾向之间振荡），分别提取往反应物和产物方向各偏移3帧的结构，分别进行结构优化，可以得到该过渡态结构对应的反应物、产物，从而确认该单步反应中间，不存在其他反应。

打开ADFinput，点击窗口中上方的“ADF”，切换到“BAND”，这样左边窗口就是一个具有周期性的模型了，只是默认没有将晶格常数显示出来而已。先创建一个$MoS_2$模型，$MoS_2$在系统自带的数据库里面有：

注意这个模型周期性已经自动设置为Slab了，上下表面外，是半无限大的真空。

我们可以点击窗口中下放的四个圈的按钮，这个按钮的作用，是切换材料的显示模式，在单周期显示／多周期显示切换。所以我们点击一下，看看切换成多周期显示后，是什么样子的，是不是沿着我们想要的方向（X、Y）方向周期性重复。当然本例中默认就是对对。

如果发现周期方向不正确，可以认为对设定一下二维材料沿着XY方向（按住shift键，选中三个原子，Edit > Align > with XY plane），这样这三个原子所在的平面就是XY平面了，二维材料沿着XY平面无限周期性重复。

原则上，二维需要结构优化后，才能进行后面的步骤，这里结构数据来自实验，我们选择性地跳过了这一步骤。

创建超胞的目的，是为了降低表面$H_2$的吸附浓，否则默认一个原包吸附一个$H_2$，浓度太高了。超胞越大，浓度越低，当然计算量越大。这里，我们以2*2超胞为例，因为这样浓度不至于过高，超胞也不太大，计算量也不大。

然后在$MoS_2$上方，画一个$H_2$分子即可。适当调整$H_2$的位置，使得其尽量接近将要发生反应的位置，也就是过渡态偏离反应物一端。当然这需要一些实际经验来判断。

第三步，势能面扫描，得到鞍点的初始猜测

参考：势能面扫描，得到鞍点的初始猜测

如果一个吸附反应具有过渡态，那么势能曲线将会是一个上升、下降的过程。其中顶点，可以认为是初略的“鞍点”（过渡态）。将该结构提取出来，可以进行下一步的Transition State搜索（Main > Task : Transition State），这样得到的过渡态是非常精确的过渡态，而不是NEB方法得到的粗糙的过渡态。