如何进行分区计算：QMMM、QUILD的使用

使用QMMM或QUILD，需要用到ADF的基本功能——分区：即我们希望对某一个区域的原子进行量子力学的计算，而对剩下的区域进行分子力学的计算。

1，划分区域即将体系（泛指所有在ADFinput中的原子，无论是一个分子还是多个分子）中一部分原子选中，然后创建一个区域（例如我们希望使用QM计算的区域），方法如下：

按住Shift键之后，即可用鼠标进行原子的多选，选中的原子都会高亮显示。可以配合：

达到选择恰当原子的目的。

选完所有需要选中的原子，然后如下图所示：

点击下图红色框所示的“+”号，即表示创建一个区

创建之后，左边在“区”内的原子就变成带“晕”的状态。区的名字，用户可以自己命名（注意避免空格、中文字符），例如此处命名为QM_Region

如果还有其他分区要创建，则重复上面的过程，分别创建。

而此例中，我们只需要创建两个区域，因此除了上面的第一个区域，剩余原子都归入第二个区域，因此，Select——invert Selection选中所有剩余原子，添加新区：

命名为MM_Region。

注意：此处QM、MM区域是可以根据用户的需要自己定义的。一般我们关心成键状况、化学反应的原子，以及与它们较邻近的原子，都划入QM区域。

2，设置QM、MM计算的参数

选择QM的区域：

如上图所示，下方将出现三个选项，一个是总体任务设置的，另外两个分别是QM、MM的参数设置的。

QMMM的参数设置：

Task：选择任务类型，例如结构优化、过渡态搜索等； Electrostatic coupling:静电耦合的级别，如果下面的精度、计算量高于上面的选项 Capping method：可以选择大家熟悉的IMOMM-洋葱模型

QM部分的参数设置：

MM区域的参数设置： 其他参数基本上可以使用默认参数，使用的力场可以根据需要修改，ADF自带有两种力场可供选择：Tripos5.2和Amber95。如果用户有其他力场，则通过Force field file选取。

3，文件保存

保存时，如果是Task选择的是几何结构优化，会提示用旧的优化方法（ADF的优化方法有两种：old，准牛顿法；New（或Auto），共轭梯度法，默认采用后者，但QMMM只能用前者），选择yes。然后保存任务，并运行。如果是单点计算则不会提示。有不同的提示时，千万注意看提示的内容。

ADF参数如果设置不合理，保存的时候，会自动提示，修改之后，再保存就不会提示了。因此提示内容是非常重要的。

如果选择结构优化，则优化完成后的整个体系的坐标，在out文件中。

4，QUILD的使用

QUILD的使用与QMMM非常类似，但分区可以更灵活，可以分为任意多个区域，并且每个区域使用不同的方法来处理。

我们对QUILD的主面板进行讲解即可，其他步骤与QMMM完全相同。

主面板中，参数设置也可以参考QMMM计算的参数设置。唯一不同的，在于各个区域计算方法的定义：

首先要点击Action前面的“+”，表示挨个定义分区
增加第一个区域，选择Total、All，表示全局的计算将使用后面“USE”那一栏定义的计算引擎，例如上图中，表示整个区域，除了那些后面特别定义过的区域，都使用DFTB
增加第二个区域，选择Replace，选定某个区域，例如图中所示选定了一个叫做Methyl的区域，后面USE选择了ADF，那么表示对Methyl区域，使用ADF模块来计算
Remove那一栏不用填写，在保存任务的时候，系统会自动填写，表示该区域既然已经选择了某个计算引擎，那么全局计算引擎（本例中为DFTB）在本区域内就不启用了
如果有其他区域需要采用其他计算引擎，可以依次分别设置

ADF软件提供免费试用，试用申请方式参见费米科技维基百科：AMS免费试用

费米维基