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碳纳米管的封口

在本教程,您将学习怎样创建一个封口的纳米管。具体地,您将:

提示

本教程使用特定版本的QuantumATK创建,因此涉及的截图和脚本参数可能与您实际使用的版本略有区别,请在学习时务必注意。

  • 不同版本的QuantumATK的py脚本可能不兼容;
  • 较新的版本输出的数据文件默认为hdf5;
  • 老版本的数据文件为nc文件,可以被新版本读取。

在本教程我们将创建一个由 C60 半球体盖上的(5, 5)碳纳米管。虽然已经有很多纳米管和富勒烯的组合,但运用本教程的方法可以创建一个加帽的纳米管。

创建一个扩展的(5, 5)碳纳米管

1. 打开 QuantumATK,点击 Create New 创建一个新项目。在 Title 处给项目命名(此处为:“Carbon_nanotube”),然后选择保存数据的文件夹,点击 OKOpen 开启项目。

2. 在 QuantumATK 主窗口,点击 按钮打开 Builder

3. 在 Stash 区,点击 Add From Plugin Nanotube,Nanotube Builder 的窗口出现。参照下图所示设置参数(M = N = 5),按下“Build”。

4. 在 Builder,选择 Bulk Tools Repeat,如下图所示,将该结构在 C 方向上扩展 10 倍,点击 “Apply”,按下 Ctrl + R 查看完整结构。

5. 点击 按钮移除原胞。加帽纳米管无论如何都不会是周期性的,因此我们把它当做分子来构建。

将富勒烯切成两半

1. 为将 C60 分子导入 Stash,点击 Add Add From Database,从菜单中选择 Databases Fullerenes。找到列表中的 C60,按下 按钮或双击它所在的行,将其发送至 Stash

2. 在 C60-CNT(5, 5)体系中,帽子的顶端是五边形。现在想象一下屏幕所在平面的坐标系,上北下南左西右东。然后旋转富勒烯使体系的西面为五边形,同时 Z 轴指向东,X 轴大体指向北。

3. 帽子由 30 个碳原子组成,相当于 C60 的一半。但是如果您将该分子切一半,会发现它很难粘在纳米管上。诀窍在于要额外的留下“一层”原子,与纳米管的边缘几乎完全匹配。因此,选中如上图所示的原子,然后删除。

4. 帽子的边缘由成对的原子组成,如同纳米管的边缘。因此,选中如下图所示的 3 个原子,2 个原子为一对,另外 1 个为相邻成对组合中的一个,利用 按钮将它们替换为氮。这样只是为了在下一步可以很容易的识别它们。

管的封口

1. 在 Stash,双击“(5, 5)碳纳米管”。

2. 在管边缘选择三个等效原子,就如在帽子上选择的三个原子。等效是指管的边缘看起来就像帽子的边缘,有成对的原子,目的是让这些原子相互匹配。将这三个原子替换为氧原子,同样也是为了便于识别。

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3. 将 Stash 区的 C60 拖拽到 3D window,导入帽子。接下来的几个步骤可能会跟图像在精确细节处略有不同,具体取决于您将哪些原子更改为氮原子。

4. 当帽子被导入时, Move 工具被自动激活。选择其中一个氮原子(如图所示,成对原子中的第一个,没有与单独的氮原子相邻的那个,它的选中标记变为红色,标注为“0”)。然后拖动它,使其落在管中等效的氧原子上。

5. 然后选择成对氮原子中的另一个,当你拖动该原子(红色的选中标记,标注为“1”,)帽子不会移动,而是绕原子“0”和“1”之间的键旋转。旋转帽子使原子“1”与管边缘成对氧原子的另一个重叠。您也许需要旋转视图才能找到清晰的目标。

6. 最后,选择第三个氮原子,将其移动到第三个氧原子上(二面角旋转)。最终结构如下所示。

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如果您没有成功(有时帽子是会被反转的),撤消最后两步,单击背景取消选择所有的锚原子,只选择一个原子并将帽子从管中移出一点,然后从步骤 4 开始再次尝试。将帽子与纳米管预对齐也是一个不错的办法。

结构的定型

此时有一些重叠的原子,实际上是我们利用它们创建的结构。您可以使用 Move 工具里的 “Fuse”,但是有些原子只是几乎重叠的情况而不会被检测到。

  1. 代替地,您可以选择 Move 工具,打开 Selection tools Close Neighbors,输入距离为 0.7 Å,按下“Select”(应该会有10个原子被选中),然后点击 Delete
  2. 将所有的原子改回碳原子。
  3. 由于富勒烯的半径与纳米管的稍有不同,您需要优化帽子。然而,您将想要同时保持纳米管的另一端保持不变(完全的周期性),如果需要的话,方便稍后可以做扩展。因此,首先选择帽子和纳米管中的几层原子(大约是纳米管的一半就可以)。然后,打开 Coordinate Tools Quick Optimizer,设置最大迭代次数为 100,点击 “Run”。该工具采用 ATKClassical 势,因此优化只需要几秒钟。

与其它结构连接

单独构建这个结构没有太大意义,您会想要把它连接到某些结构上,如表面或分子。这些内容将在其他教程中介绍,您可以学习如何构建如下图所示的结构。

下面是使用非常类似的方法构建的其他封端纳米管的组合。这些体系构建起来要稍微更难,因为需要一些手动调整。

(9, 0)CNT+C60

帽子的顶端为六边形,管的边缘为锯齿形。

(6, 6)CNT+富勒烯

帽子的顶端由 QuantumATK 数据库里的 No. 134 富勒烯(C3V 对称)构成。

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参考