如何在发表论文时正确引用QuantumATK软件

引用ATK-DFT、ATK-SE方法

文章中报道的来自QuantumATK软件的研究结果都应该正确地引用QuantumATK软件和相关的描述方法的文章，主要是以下引用：

Atomistix ToolKit version XXX, QuantumWise A/S (www.quantumwise.com).
M. Brandbyge, J.-L. Mozos, P. Ordejón, J. Taylor, and K. Stokbro, Phys. Rev. B 65, 165401 (2002)（DOI）

其中XXX应该用该研究计算时采用的版本号替换。

如果计算中使用了半经验的 extended Hückel model，则文章里还应该引用以下文献：

K. Stokbro, D. E. Petersen, S. Smidstrup, A. Blom, M. Ipsen and K. Kaasbjerg, Phys. Rev. B 82, 075420 (2010)（DOI）

如果计算中使用了DFTB（Slater-Koster）方法，则应正确引用不同参数的来源文献，详细情况请参考 QuantumATK官方手册相关章节。

如果在研究中使用了ATK-Classical方法，则应该在引用软件的一般版本和有关的文章：

Atomistix ToolKit version XXXX.X, Synopsys QuantumWise (www.quantumwise.com)
M. Griebel, S. Knapek and G. Zumbusch, “Numerical Simulation in Molecular Dynamics”, Springer (2007)
M. Griebel and J. Hamaekers, Computer Methods in Applied Mechanics and Engineering, 193, 1773-1788 (2004)【DOI】

如果在计算中使用了某种特定的经验势函数模型，则应添加相应的文献，详情请参考手册。

如果您在研究中使用了Virtual NanoLab，则应当正确引用VNL的软件版本：

在2005年以前，QuantumATK的原名为TranSIESTA-C，该程序包使用了学术版的TranSIESTA（和部分的McDCal），使用的DFT方法则为与SIESTA一致的数值轨道基组。

Mads Brandbyge, José-Luis Mozos, Pablo Ordejón, Jeremy Taylor, and Kurt Stokbro, Density-functional method for nonequilibrium electron transport, Phys. Rev. B 65, 165401 (2002).
Kurt Stokbro, Jeremy Taylor, Mads Brandbyge, and Pablo Ordejón, TranSIESTA: A Spice for Molecular Electronics, Ann NY Acad Sci 1006, 212-226 (2003).
José M Soler, Emilio Artacho, Julian D Gale, Alberto García, Javier Junquera, Pablo Ordejón, and Daniel Sánchez-Portal, The SIESTA method for ab initio order-N materials simulation, J. Phys. Condens. Matter 14, 2745-2779 (2002).
Jeremy Taylor, Hong Guo, and Jian Wang, Ab initio modeling of quantum transport properties of molecular electronic devices, Phys. Rev. B 63, 245407 (2001).

Ann E Mattsson, Peter A Schultz, Michael P Desjarlais, Thomas R Mattsson, and Kevin Leung, Designing meaningful density functional theory calculations, Modelling Simul. Mater. Sci. Eng. 13, R1 (2005).
K. Stokbro, J. Taylor, M. Brandbyge, and H. Guo, Ab-initio Non-Equilibrium Green's Function Formalism for Calculating Electron Transport in Molecular Devices, Lecture Notes in Physics 680, 117-151 (2005).
Max Koentopp, Connie Chang, Kieron Burke, and Roberto Car, Density functional calculations of nanoscale conductance, Journal of Physics: Condensed Matter 20, 083203 (2008).

D. Sholl and J. A. Steckel, Density Functional Theory. A Practical Introduction, Wiley (2011).
S. Datta, Electronic Transport in Mesoscopic Systems, Cambride (1997).
S. Datta, Quantum Transport: Atom to Transistor, Cambride (2005).