目录

Linux系统中,片段分析如何使用run文件提交任务

ADF模块

流程:

  1. 保存任务时候,会生成N+1个任务,也就是有N个片段run文件,和1个超分子计算的run文件;
  2. 先分别提交N个片段计算的任务,和普通的任务提交方式一样;
  3. N个片段计算完成,得到*.results/adf.rkf文件(也就是旧版中的*.t21文件),之后再提交整个体系计算的run文件,但需要事先对该文件进行修改:

在Windows中如果正确地设置了片段,那么整个体系计算的run文件,应该有类似如下的部分:

fragments
CO  CO.rkf
Ni  Ni.rkf
end

在Linux系统中提交作业,软件不能自动改名字,因此用户需要手动修改脚本,指向片段的*.results/adf.rkf文件(Linux上提交作业,默认生成的是ams.results文件夹,建议用户把文件夹名字改掉),例如:

fragments
CO  /home/fermitech/example/CO/CO.results/adf.rkf
Ni  /home/fermitech/example/Ni/Ni.results/adf.rkf
end

之后保存run文件,然后提交该run文件即可。

BAND模块

与ADF模块类似,不过BAND对应的文件是*.results文件夹内的band.rkf文件。用户可以在Windows生成的run文件中,直接添加*.results/band.rkf的完整路径即可。例如:

    Fragment
        FileName /public/home/amstest/Task/CO.results/band.rkf
        AtomMapping
            1 9
            2 10
        End
    End
    Fragment
        FileName /public/home/amstest/Task/MgO.results/band.rkf
        AtomMapping
            1 1
            2 2
            3 3
            4 4
            5 5
            6 6
            7 7
            8 8
        End
    End