基态计算完毕之后，计算激发态。计算激发态的时候，是求解一个矩阵的本征值和本证矢量，其中本征值就对应着“激发能”。在求解的时候，出现了负数本征值，也就是出现了负的激发能。
造成负本征值的原因，一般来说有两种情况，一种是HOMO以下出现了空轨道，另一种是HOMO－LUMO的能级差太低。一般LDA的HOMO－LUMO 能级差低于GGA，GGA中BP是最高的，GGA能级差低于杂化泛函如B3LYP。