目录

创建气液界面

前言

气体、液体,在ReaxFF中,只是在密度上有所差别。而ReaxFF不能考虑重力,因此实际上气-液混合物最后会变成均匀混合物。这里只是讨论创建模型。这里以水、氧气为例说明。

需要特别注意:Cell是具有三维周期边界条件的,所以这种模型实际上是气体-液体-气体-液体……无线循环、无限大的。

创建液体

AMSinput(模块切换到ReaxFF) - Edit - Builder - 添加水分子,并调整个数、Cell的体积,直到密度符合实际情况,例如:

Generate按钮,生成液体体系。然后通过按住Shift键+鼠标画框的方式,选中要去掉的液体(给气体分子留下空间):

鼠标画框选中的分子,有的只是部分原子被选中,因此不能直接删除,否则就留下了残基,因此按Ctrl m键,令整个分子被选中:

del键删除这些选中的完整的分子。

View - Periodic - Show Unit Cell,显示Cell(这不是必须的操作。)

填充气体

Model - Region去掉“Auto_Generated”这个Region(这一步是必须的),然后回到Edit - Builder窗口,添加气体分子: