如何生成特定分子在z轴上的分布情况

本功能基于AMS2021,及其以上的版本。

可以使用后处理脚本(下载后解压)。该脚本可以得到每个Z值下,观察到该分子的个数,对时间的均值。因此,建议得到一个稳定的结果之后,从该结构出发,在相同条件下,做一定时间长度的MD,然后使用该脚本处理,这样的均值才有意义。

使用方法:

  1. 将该脚本放入$AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/中(当然也可以放入其他地方都可以,执行命令行的时候,输入路径即可)
  2. 打开ams_command_line.bat,输入sh。
  3. 然后通过简单的cd命令,进入作业所在的目录中,执行如下命令:
$ amspython $AMSHOME/scripting/standalone/reaxff-ams/get_molecules_plams.py --rkf *.results --molecules LiO2 Li2CO3

其中: