如何对一批xyz文件完成ADF、BAND、DFTB、Quantum Espresso计算

在ADFJobs中,有一个处理工具。可以设置批量计算,也可以批量分析结果。本例中,我们用ReaxAMS的PES扫描得到的10个分子结构,使用ADF模块计算其能量。

ADFJobs菜单栏 > Tools > Prepare…:

左上角第一个框里面,默认是结构优化,可以选中“ADF_Geometry Optimization”然后点➖去掉这个选项。然后重新点➕,设置自己所需的选项,例如我们这里只是想计算一系列结构的单点能量,因此选择如下:

选择完毕之后,注意设置一下批量计算任务的路径,例如我们这里设置的是:/Users/Landau/ADF/frames/autojobs/autojobs

用户可以根据需要设置自己的目录,目录中不能包含中文、空格。之后点击下方OK,则在该路径生成一系列任务:

按住shift键,选中这些任务(选择第一个和最后一个,则所有任务都被选中了),然后设置所需Queue,如果不选择,默认将使用Sequential队列(该队列下,所有任务将被依次执行),这里我们选择了一个叫做Sequential的队列,如下图所示。关于队列高级设置与选择,参考:Linux、Windows桌面系统:使用图形界面提交任务、指定任务核数

设置队列之后(或者仅仅选中这些任务,而不设置队列),菜单栏Job > Run。

运行完毕之后,程序可以自动分析这一批计算,生成报表。操作如下:

用户可以首先指定报表中包括哪些信息:点击ADFJobs菜单栏 > Tools > New Report Template,默认的标准报表会列出很多信息,但这里我们只关心能量,因此只勾选了Bonding Energy,左边的Atom lables实际上也可以不勾选,将该报表名字取名为“Total Energy“,当然用户也可以随意命名。报表的格式,可以是网页,也可以是文本。这里我们选择的是默认的网页格式,如下图所示:

报表要求设置好之后,再次选中这10个任务,然后点击ADFJobs菜单栏 > Tools > Build Total Energy Report,注意其中的“Total Energy“就是我们刚才设置的报表名称。然后将生成一个网页报表:

列出了10个计算的键能,单位为Hartree。如果不清楚该单位,可以参考:能量的单位

注意,能量是一个相对量,而非绝对量,因此只有相对值是有意义的。