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如何进行三维周期性体系的结合能、能量分解pEDA

以下以体心立方的铁晶体孔状结构吸附H2例。由于pEDA分析支持正常k空间布点,而NOCV则只支持Gamma点,因此建议二者分别计算。

第一步:建模

在免费、开放的免费在线数据库可以搜索到体心立方铁的晶体结构文件,下载*.cif格式的结构文件。在ADFinput > File > Import Coordinates导入*.cif文件。

创建孔洞结构的过程,参考创建孔洞结构

点击如下图黄色圆圈所示的H符号,点击孔洞内的空间两次,则创建好了H2。按CTRL m键,则选中了整个H2分子。将H2移动到合适的位置,参考AMSinput常用快捷键精确调整键长、键角、二面角显示键长、键角、二面角

当然,真正进行计算的时候,需要进行结构优化。但本例中仅演示能量分解的功能,因此省去了结构优化的步骤。

第二步:设置参数

设置参数如下:

泛函、基组的选择,可以参考:BAND:如何设置基组。因为是研究分子吸附,所以这里选择了色散修正泛函PBE-D3(BJ),也可以使用D4-(EEQ)。

设置k点为Very Good:

为能量分解设置片段区域,设置方法,如果没有做过的话,务必参考如何创建分区。这里将H2设置为一个region,固体设为另一个region,研究分子与固体之间的键能:

勾选Use Fragment,开启EDA功能:

设置完成后,File > Save As,保存任务。

第三步:运行任务

提交任务的方式,参考正式版的安装、维护与升级

第四步:结果查看

打开*.out文件,点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。其中△Eint表示两个分区之间的结合能。各项能量的含义,请参考pEDA能量各项的含义