adf:visosityofionicliquid
差别
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| adf:visosityofionicliquid [2023/11/18 14:53] – [总结] liu.jun | adf:visosityofionicliquid [2023/11/18 17:44] (当前版本) – [总结与经验] liu.jun | ||
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| ======使用 APPLE&P 计算离子液体的粘度====== | ======使用 APPLE&P 计算离子液体的粘度====== | ||
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| 在本教程中，我们将以 N-甲基-N-丁基吡咯烷鎓 (pyr14) 和双(三氟甲磺酰亚胺) (TFSI)（1: | 在本教程中，我们将以 N-甲基-N-丁基吡咯烷鎓 (pyr14) 和双(三氟甲磺酰亚胺) (TFSI)（1: | ||
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| 单击SCM → Movie来分析此次 NPT 作业。Movie → Graph → Add Graph，然后MD Properties → Density观察密度的变化。理想情况下，NPT 收敛后的密度与实验较为接近，这里我们发现 NPT 模拟得到的密度在 1336 至 1346 kg/ | 单击SCM → Movie来分析此次 NPT 作业。Movie → Graph → Add Graph，然后MD Properties → Density观察密度的变化。理想情况下，NPT 收敛后的密度与实验较为接近，这里我们发现 NPT 模拟得到的密度在 1336 至 1346 kg/ | ||
| - | 运行完毕后，图形窗口仍然弹出窗口寻味是否更新结构，建议同时勾选 Use MD velocities from result 后点击Yes。然后进行下一步。 | + | 运行完毕后，图形窗口仍然弹出窗口寻味是否更新结构，建议同时勾选 Use MD velocities from result 后点击Yes，然后进行下一步。这里，如果体系足够大，能观察到压强的震荡，对应的也有密度的震荡，在已经达到平衡的区域，也可以找到压强最准确的一帧，更新结构进行后续的计算。 |
| =====第四步：正式计算粘度的分子动力学模拟===== | =====第四步：正式计算粘度的分子动力学模拟===== | ||
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| - | =====总结===== | + | =====总结与经验===== |
| * 模拟需要很好地平衡：本例中，我们从低密度开始，对模拟盒进行变形以接近实验密度，用户还可以考虑对系统进行温和的退火处理（关于退火的概念与操作，参考[[adf: | * 模拟需要很好地平衡：本例中，我们从低密度开始，对模拟盒进行变形以接近实验密度，用户还可以考虑对系统进行温和的退火处理（关于退火的概念与操作，参考[[adf: | ||
| - | * 一般来说，使用 NPT 模拟平衡液体的时候，要注意验证密度、压力是否接近实验值。如有必要可以调整压强。 | + | * 一般来说，使用 NPT 模拟平衡液体的时候，要注意验证密度、压力是否接近实验值。 |
| * 粘度通常对体系的规模大小很敏感，应使用更大的体系以获得更稳定的结果。 | * 粘度通常对体系的规模大小很敏感，应使用更大的体系以获得更稳定的结果。 | ||
| * 在整个时间范围内，粘度曲线应平滑上升，平滑特征代表收敛、数据的稳定性。 | * 在整个时间范围内，粘度曲线应平滑上升，平滑特征代表收敛、数据的稳定性。 | ||
adf/visosityofionicliquid.1700290420.txt.gz · 最后更改: 2023/11/18 14:53 由 liu.jun