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--- adf:tssofband [2020/04/06 19:23] – [第四步：从过渡态出发计算反应物与产物] liu.jun
+++ adf:tssofband [2023/03/18 13:39] (当前版本) – [修改优化最大步长] liu.jun
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 ======过渡态搜索与虚频验证，并从过渡态出发反推反应物、产物======
-前提条件是，我们得到了过渡态结构（即鞍点）的初始猜测，基于该结构进行下面的计算。该结构可以来自势能面扫描（PES）也可以来自NEB。当然NEB本身也可以作为过渡态搜索的一种方法。我们这里介绍的过渡态搜索过程，精度、可验证性，比NEB高。
+前提条件是，我们得到了过渡态结构（即鞍点）的初始猜测，基于该结构进行下面的计算。该结构可以来自势能面扫描（PES）也可以来自NEB计算。当然NEB本身也可以作为过渡态搜索的一种方法。我们这里介绍的过渡态搜索过程，精度、可验证性，比NEB高。
 =====第一步：计算参与反应的原子的频率=====
 ====参数设置====
 {{ :adf:mos2pestss12.png?650 }}
+关于基组的选择，参考：[[adf:basis_band]]
 {{ :adf:mos2pestss13.png?650 }}
-关于基组的选择，参考：[[adf:basis_band]]。保存任务后，修改*.run文件，设置我们需要计算频率的原子：
+**为需要计算频率的原子，创建一个Region，然后在Properties - IR(Frequencies), VCD - 勾选Frequencies，Hessian only for选择该Region。**
-<code>
-Properties
-    NormalModes Yes
-    SelectedAtomsForHessian 3 12 13 14
-End
-</code>
-我们添加了一行SelectedAtomsForHessian 3 12 13 14，表示我们只需要计算编号为3、12、13、14的这4个原子，也就是两个H原子和两个S原子。
+====注意：====
+频率计算实际上是一个“单点”计算，所以设置固定某些原子，是没有意义的。
 ====检查最大虚频是否具有过渡态特征====
-SCM - Spectra：
+计算完成后，SCM - Spectra：
 {{ :adf:mos2pestss14.png?650 }}
-选中最大虚频，观察其振动模式，是否在反应物、产物之间振荡。如果是，则可以进行下一步，否则PES过程或NEB过程，需要重新做。频率计算生成的*.results/band.rkf文件可以用于第二步，相当于告知程序势能面地图，能够提高过渡态搜索的效率、成功率。
+选中最大虚频，观察其振动模式，是否在反应物、产物之间振荡。如果是，则可以进行下一步，否则PES过程或NEB过程需要重做。频率计算生成的*.results/band.rkf文件可以用于第二步，相当于提供给程序一张“势能面地图”，从而提高过渡态搜索的效率、成功率。
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 {{ :adf:mos2pestss18.png?650 }}
+====修改优化最大步长====
+保存任务后，修改*.run文件：
+<code>
+GeometryOptimization
+    Method Quasi-Newton
+    Quasi-Newton
+      Step
+         TrustRadius 0.01
+      End
+    End
+    InitialHessian
+        Type FromFile
+        File D:/ADF_DATA/07Freq.results/band.rkf
+    End
+    Convergence
+        Energy 1.0e-4
+        Step 0.005
+    End
+End
+</code>
+这里我们设置了最大位移量为0.01，这样可以避免优化过程中的振荡行为，这个值越小，越利用收敛，但收敛的也越慢。
+保存*.run文件，并直接运行任务。
 ====结果查看====
 SCM - Movie打开，收敛的最后一个结构（梯度小于阈值），也就是搜索得到的精确过渡态结构（即鞍点）。File - Save Geometry，保存结构。用于下面频率验证。
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 <Mar26-2020> <17:43:20>                      -2040.7904 KCAL/MOL
 </code>
-用三种单位显示了其能量。
+用三种单位显示了其能量。过渡态能量减去反应物能量即得到绝对0度下的能垒。
-过渡态能量减去反应物能量即得到绝对0度下的能垒。
-如果通过计算反应相关的部分原子的频率，近似地得到反应相关的自由能？参考：[[adf:freeenergyofband]]

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