adf:rotatemolecule

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--- adf:rotatemolecule [2023/05/06 15:48] – [1，确定旋转轴、旋转中心] liu.jun
+++ adf:rotatemolecule [2023/05/06 15:49] (当前版本) – [1，确定旋转轴、旋转中心] liu.jun
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 选中 S-C 两个原子，点击底部的 “Orient⊥” 按钮，使得图中的 C-S 方向垂直于 MoS$_2$ 表面。
-然后我们可以设定该 C 正下方的 S 原子为坐标原点<color lightgrey>（选中该 S 原子 Edit → Set origin）</color>，然后设定 S-C 键方向设置为 Z 轴（实际上对于本例的二维周期模型来说，没有必要设置z轴，因为S-C方向本身就已经是严格的z轴了）<color lightgrey>（依次选中 S、C 这两个原子，Edit → Align → Z-axis，注意一定要确保这个方向是垂直于平面，否则二维周期性体系的周期性会存在错误，二维平面的周期性是精确沿着 XY 平面的。当然如果是非周期性体系，就没有这个问题）</color>。
+然后我们可以设定该 C 正下方的 S 原子为坐标原点<color lightgrey>（选中该 S 原子 Edit → Set origin）</color>，然后设定 S-C 键方向设置为 Z 轴（实际上对于本例的二维周期模型来说，没有必要设置z轴，因为此时 S-C 方向本身就已经是严格的z轴了，在非周期体系中，是需要设定z轴或其他轴，以用作转动轴的）<color lightgrey>（依次选中 S、C 这两个原子，Edit → Align → Z-axis，注意一定要确保这个方向是垂直于平面，否则二维周期性体系的周期性会存在错误，二维平面的周期性是精确沿着 XY 平面的。当然如果是非周期性体系，就没有这个问题）</color>。
 我们将这个 S 原子（即原点）设为旋转中心，Z 轴设为旋转轴：

adf/rotatemolecule.1683359321.txt.gz · 最后更改: 2023/05/06 15:48 由 liu.jun

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