adf:rotatemolecule
差别
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adf:rotatemolecule [2023/05/06 15:48] – [1,确定旋转轴、旋转中心] liu.jun | adf:rotatemolecule [2023/05/06 15:49] (当前版本) – [1,确定旋转轴、旋转中心] liu.jun |
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选中 S-C 两个原子,点击底部的 “Orient⊥” 按钮,使得图中的 C-S 方向垂直于 MoS$_2$ 表面。 | 选中 S-C 两个原子,点击底部的 “Orient⊥” 按钮,使得图中的 C-S 方向垂直于 MoS$_2$ 表面。 |
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然后我们可以设定该 C 正下方的 S 原子为坐标原点<color lightgrey>(选中该 S 原子 Edit → Set origin)</color>,然后设定 S-C 键方向设置为 Z 轴(实际上对于本例来说,没有必要设置z轴,因为S-C方向本身就已经是严格的z轴了)<color lightgrey>(依次选中 S、C 这两个原子,Edit → Align → Z-axis,注意一定要确保这个方向是垂直于平面,否则二维周期性体系的周期性会存在错误,二维平面的周期性是精确沿着 XY 平面的。当然如果是非周期性体系,就没有这个问题)</color>。 | 然后我们可以设定该 C 正下方的 S 原子为坐标原点<color lightgrey>(选中该 S 原子 Edit → Set origin)</color>,然后设定 S-C 键方向设置为 Z 轴(实际上对于本例的二维周期模型来说,没有必要设置z轴,因为此时 S-C 方向本身就已经是严格的z轴了,在非周期体系中,是需要设定z轴或其他轴,以用作转动轴的)<color lightgrey>(依次选中 S、C 这两个原子,Edit → Align → Z-axis,注意一定要确保这个方向是垂直于平面,否则二维周期性体系的周期性会存在错误,二维平面的周期性是精确沿着 XY 平面的。当然如果是非周期性体系,就没有这个问题)</color>。 |
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我们将这个 S 原子(即原点)设为旋转中心,Z 轴设为旋转轴: | 我们将这个 S 原子(即原点)设为旋转中心,Z 轴设为旋转轴: |
adf/rotatemolecule.1683359302.txt.gz · 最后更改: 2023/05/06 15:48 由 liu.jun