adf:rotatemolecule

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--- adf:rotatemolecule [2023/05/06 15:14] – 创建 liu.jun
+++ adf:rotatemolecule [2023/05/06 15:49] (当前版本) – [1，确定旋转轴、旋转中心] liu.jun
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 ====1，确定旋转轴、旋转中心====
-例如在MoS2表面的一个分子：
+例如在 MoS$_2$ 表面的一个分子：
 {{ :adf:rotatemolecule01.png?650 }}
-通过反复多次设定不同方位的S-S-C键角为90°<color lightgrey>（最好是两个互相垂直的方向，如此操作几次，就可以了）</color>，使得图中的C-S方向垂直于MoS2表面。我们可以设定该C正下方的S原子为坐标原点<color lightgrey>（选中该S原子Edit → Set origin）</color>，然后设定S-C键方向设置为Z轴<color lightgrey>（依次选中S、C这两个原子，Edit → Align → Z-axis，注意一定要确保这个方向是垂直于平面，否则二维周期性体系的周期性会存在错误，二维平面的周期性是精确沿着XY平面的。当然如果是非周期性体系，就没有这个问题）</color>。
+Edit → Tune Geometry...
-我们将这个S原子（即原点）设为旋转中心，Z轴设为旋转轴：Edit → Tune Geometry...
+选中 S-C 两个原子，点击底部的 “Orient⊥” 按钮，使得图中的 C-S 方向垂直于 MoS$_2$ 表面。
+然后我们可以设定该 C 正下方的 S 原子为坐标原点<color lightgrey>（选中该 S 原子 Edit → Set origin）</color>，然后设定 S-C 键方向设置为 Z 轴（实际上对于本例的二维周期模型来说，没有必要设置z轴，因为此时 S-C 方向本身就已经是严格的z轴了，在非周期体系中，是需要设定z轴或其他轴，以用作转动轴的）<color lightgrey>（依次选中 S、C 这两个原子，Edit → Align → Z-axis，注意一定要确保这个方向是垂直于平面，否则二维周期性体系的周期性会存在错误，二维平面的周期性是精确沿着 XY 平面的。当然如果是非周期性体系，就没有这个问题）</color>。
+我们将这个 S 原子（即原点）设为旋转中心，Z 轴设为旋转轴：
 {{ :adf:rotatemolecule02.png?650 }}
+====2，设定旋转角度，旋转之====
+选中要选中的分子<color lightgrey>（选中其中一个原子，然后 ctrl m 键选中整个分子）</color>，Angle 中输入旋转的角度，例如 10°：
+{{ :adf:rotatemolecule03.png?650 }}
+点击右侧的黑色左按钮、右按钮，即可顺时针、逆时针旋转指定角度。用户不熟悉的时候，可以连续点击几次该旋转按钮，适应一下，即可熟悉。
+该操作面板上也有精确平移操作按钮，用户可以自行探索用法。

adf/rotatemolecule.1683357299.txt.gz · 最后更改: 2023/05/06 15:14 由 liu.jun

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