adf:restartofmd
差别
这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。
| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:restartofmd [2023/09/13 09:29] – [重启方式1：从最后一帧重启] liu.jun | adf:restartofmd [2024/01/03 16:53] (当前版本) – liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| ======分子动力学的重启restart====== | ======分子动力学的重启restart====== | ||
| + | 本功能适合于AMS2023及以后的版本。 | ||
| + | |||
| 注意两种重启的模式，所调用的轨迹文件不同。如果选择错误，作业会报错。 | 注意两种重启的模式，所调用的轨迹文件不同。如果选择错误，作业会报错。 | ||
| =====重启方式1：从最后一帧重启===== | =====重启方式1：从最后一帧重启===== | ||
| 行 13: | 行 15: | ||
| - 如果是在集群，无法使用图形窗口的情况，在本地保存好作业，将*.run、*.results/ | - 如果是在集群，无法使用图形窗口的情况，在本地保存好作业，将*.run、*.results/ | ||
| + | 如果用户需要提交到服务器计算，往往需要修改重启所依靠的原先作业ams.rkf文件，则需要修改*.run文件中的文件路径，改为服务器上，这个ams.rkf文件的具体路径（如果服务器没有这个文件，则需要上传这个文件）。在*.run文件中的体现：在*.run文件中，如下几行 | ||
| + | < | ||
| + | Restart dep-ams.rkf | ||
| + | InitialVelocities | ||
| + | Type FromFile | ||
| + | File dep-ams.rkf | ||
| + | End | ||
| + | </ | ||
| + | 把dep-ams.rkf替换成具体的ams.rkf文件与路径就可以了。例如： | ||
| + | < | ||
| + | Restart / | ||
| + | InitialVelocities | ||
| + | Type FromFile | ||
| + | File / | ||
| + | End | ||
| + | </ | ||
| =====重启方式2：选择某一帧重启===== | =====重启方式2：选择某一帧重启===== | ||
| Model - Restart，读取*.results/ | Model - Restart，读取*.results/ | ||
| + | |||
| + | 如果需要修改*.run文件，则类似如上的位置修改即可。 | ||
| =====重启后，两个作业的轨迹合并===== | =====重启后，两个作业的轨迹合并===== | ||
adf/restartofmd.1694568598.txt.gz · 最后更改: 2023/09/13 09:29 由 liu.jun