差别

这里会显示出您选择的修订版和当前版本之间的差别。

--- adf:restartofmd [2022/04/20 18:00] – [重启方式1：从最后一帧重启] liu.jun
+++ adf:restartofmd [2024/01/03 16:53] (当前版本) – liu.jun
@@ 行 1: / 行 1: @@
 ======分子动力学的重启restart======
+本功能适合于AMS2023及以后的版本。
 注意两种重启的模式，所调用的轨迹文件不同。如果选择错误，作业会报错。
 =====重启方式1：从最后一帧重启=====
-Model - MD - Restart from，这里选择任务生成的*.results/ams.rkf:
+Model - MD - Restart from，这里选择任务生成的*.results/ams.rkf**（如果直接复制之前最后一帧的结构到Input窗口，则此处可以不设置restart，只读取最后一帧的速度即可）**，如果起始速度也要沿用之前作业的原子速度大小方向，可以在Initial velocity中设置From File并选择相同的*.results/ams.rkf:
 {{ :adf:restartofmd.png?650 |}}
@@ 行 9: / 行 11: @@
 注意：
-  - 如果起始速度也要沿用之前作业速度，可以在Initial velocity中设置From File并选择相同的*.results/ams.rkf。
+  - 第一个作业如果已经完成的步数设置为10万，第二个作业也设置为10万的话，就没有意义了，程序会选择直接结束，因为已经有10万步了。所以如果要接着算，应该设置比已经完成步数更大的步数，例如20万，log文件中显示的步数信息也是从10万作为第0帧的信息。
-  - 第一个作业如果步数设置为10万，第二个作业也设置为10万的话，就没有意义了，程序会选择直接结束，因为已经有10万步了。所以如果要接着算，应该设置更大的步数，例如20万，log文件中显示的步数信息也是从10万作为第0帧的信息。
   - 该设置适合所有模块的分子动力学模拟。
+  - 如果是在集群，无法使用图形窗口的情况，在本地保存好作业，将*.run、*.results/ams.rkf上传到集群，更正*.run中*.results/ams.rkf文件的具体路径，提交作业即可。
+如果用户需要提交到服务器计算，往往需要修改重启所依靠的原先作业ams.rkf文件，则需要修改*.run文件中的文件路径，改为服务器上，这个ams.rkf文件的具体路径（如果服务器没有这个文件，则需要上传这个文件）。在*.run文件中的体现：在*.run文件中，如下几行
+<code>
+    Restart dep-ams.rkf
+    InitialVelocities
+        Type FromFile
+        File dep-ams.rkf
+    End
+</code>
+把dep-ams.rkf替换成具体的ams.rkf文件与路径就可以了。例如：
+<code>
+    Restart /home/uderid/task/test.results/ams.rkf
+    InitialVelocities
+        Type FromFile
+        File /home/uderid/task/test.results/ams.rkf
+    End
+</code>
 =====重启方式2：选择某一帧重启=====
-Model - Restart，读取*.results/MDstep*.rkf，其中*为之前任务的Step数，默认每隔1000步存一次重启点。因此可以从1000步的整数倍开始重启。这种方式重启，无法读取速度。
+Model - Restart，读取*.results/MDstep*.rkf，其中*为之前任务的Step数，默认每隔1000步存一次重启点。因此可以从1000步的整数倍开始重启。这种方式重启，无法读取速度。如果是在集群，无法使用图形窗口的情况，在本地保存好作业，将*.run、*.results/MDstep*.rkf上传到集群，更正*.run中*.results/MDstep*.rkf文件的具体路径，提交作业即可。
+如果需要修改*.run文件，则类似如上的位置修改即可。
+=====重启后，两个作业的轨迹合并=====
+参考：[[adf:connectrkf]]
+合并之后的轨迹，可以用ChemTraYzer2进行分析。

费米维基

用户工具

站点工具

差别

页面工具