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adf:restartofmd [2022/04/20 17:48] – [重启方式2:选择某一帧重启] liu.jun | adf:restartofmd [2024/01/03 16:53] (当前版本) – liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
======分子动力学的重启restart====== | ======分子动力学的重启restart====== | ||
+ | 本功能适合于AMS2023及以后的版本。 | ||
+ | |||
注意两种重启的模式,所调用的轨迹文件不同。如果选择错误,作业会报错。 | 注意两种重启的模式,所调用的轨迹文件不同。如果选择错误,作业会报错。 | ||
=====重启方式1:从最后一帧重启===== | =====重启方式1:从最后一帧重启===== | ||
- | Model - MD - Restart from,这里选择任务生成的*.results/ | + | Model - MD - Restart from,这里选择任务生成的*.results/ |
{{ : | {{ : | ||
+ | 修改步数,另存一个任务计算。 | ||
- | 然后,另存一个任务计算。 | + | 注意: |
+ | - 第一个作业如果已经完成的步数设置为10万,第二个作业也设置为10万的话,就没有意义了,程序会选择直接结束,因为已经有10万步了。所以如果要接着算,应该设置比已经完成步数更大的步数,例如20万,log文件中显示的步数信息也是从10万作为第0帧的信息。 | ||
+ | - 该设置适合所有模块的分子动力学模拟。 | ||
+ | - 如果是在集群,无法使用图形窗口的情况,在本地保存好作业,将*.run、*.results/ | ||
- | 注意:如果起始速度也要沿用之前作业速度,可以在Initial velocity中设置From | + | 如果用户需要提交到服务器计算,往往需要修改重启所依靠的原先作业ams.rkf文件,则需要修改*.run文件中的文件路径,改为服务器上,这个ams.rkf文件的具体路径(如果服务器没有这个文件,则需要上传这个文件)。在*.run文件中的体现:在*.run文件中,如下几行 |
+ | < | ||
+ | Restart dep-ams.rkf | ||
+ | InitialVelocities | ||
+ | Type FromFile | ||
+ | | ||
+ | End | ||
+ | </ | ||
+ | 把dep-ams.rkf替换成具体的ams.rkf文件与路径就可以了。例如: | ||
+ | < | ||
+ | Restart / | ||
+ | InitialVelocities | ||
+ | Type FromFile | ||
+ | File / | ||
+ | End | ||
+ | </ | ||
+ | =====重启方式2:选择某一帧重启===== | ||
+ | Model - Restart,读取*.results/ | ||
- | 该设置适合所有模块的分子动力学模拟。 | + | 如果需要修改*.run文件,则类似如上的位置修改即可。 |
- | =====重启方式2:选择某一帧重启===== | + | =====重启后,两个作业的轨迹合并===== |
- | Model - Restart,读取*.results/ | + | 参考:[[adf: |
+ | |||
+ | 合并之后的轨迹,可以用ChemTraYzer2进行分析。 |