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adf:generatebondsconn

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adf:generatebondsconn [2022/09/23 22:08] – 创建 liu.junadf:generatebondsconn [2022/10/05 11:52] (当前版本) – [使用方式] liu.jun
行 1: 行 1:
 ======如何生成键连接关系？====== ======如何生成键连接关系？======
-可使用{{ :adf:getbonds.rar |python脚本}}。脚本内容如下：+可使用{{ :adf:getbonds.rar |python脚本(下载解压后使用)}}。脚本内容如下：
 <code python> <code python>
 #!/usr/bin/env amspython #!/usr/bin/env amspython
行 24: 行 24:
  
 </code> </code>
 +
 +====使用方式====
 +  - 自行修改ams.rkf文件的路径
 +  - 该脚本打印1~10帧、第67帧的键连接关系，用户需自行修改相关数字
 +  - 注意路径中斜杠的方向
 +  - 在命令行，ams环境变量生效的情况下<color grey>(如果是在Windows系统，运行AMS202*.*\ams_command_line.bat，输入sh回车)</color>，然后运行amspython getbonds.py > bond.txt回车即可输出
 +
 +====输出内容将在bond.txt文件中====
 +格式类似如下：
 +<code>
 +Frame 67
 +  Atoms:
 +    1         O       1.908476       8.810413      -6.653047
 +    2         H       2.106662       7.954617      -6.974343
 +    3         H       1.232036       9.136536      -7.258801
 +    4         O       9.522390      -7.589808       0.525555
 +    5         H      -9.842508      -7.432060      -0.260436
 +    6         H      10.049396      -7.189823       1.199989
 +    7         O      -6.144137      -9.116302      -5.367006
 +    8         H      -6.761021      -8.384682      -5.540695
 +    9         H      -6.852141      -9.705420      -4.975267
 +   10         O      -5.670043       5.852205       2.681984
 +   11         H      -4.767790       5.816332       2.282185
 +   12         H      -6.031881       6.774200       2.770605
 +   13         O      -0.376795      -1.178371      10.154385
 +
 +……
 +
 +  297         H      -9.523604      -8.657806      -4.717627
 +  298         O      -8.354747       2.038060      -5.816646
 +  299         H      -7.418100       2.243509      -5.584667
 +  300         H      -8.711936       2.331389      -4.949967
 +  Bonds:
 +   (1)--0.9--(2)
 +   (1)--0.9--(3)
 +   (4)--0.8--(5)
 +   (4)--0.9--(6)
 +   (7)--0.9--(8)
 +   (7)--0.8--(9)
 +   (10)--0.9--(11)
 +   (10)--0.9--(12)
 +   
 +……
 +
 +   (292)--0.9--(293)
 +   (292)--0.9--(294)
 +   (295)--0.9--(296)
 +   (295)--0.9--(297)
 +   (298)--0.9--(299)
 +   (298)--0.9--(300)
 +  Lattice:
 +       20.0000000000     0.0000000000     0.0000000000
 +        0.0000000000    20.0000000000     0.0000000000
 +        0.0000000000     0.0000000000    20.0000000000
 +</code>
 +
 +**其中Frame 67表示第67帧**
adf/generatebondsconn.1663942093.txt.gz · 最后更改: 2022/09/23 22:08 由 liu.jun

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