VNL作为LAMMPS的用户界面

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概述LocalStructure_plugin

LAMMPS 是一个应用广泛的经验力场分子动力学程序,使用VNL可以:

  • 快速构建多种模型并导出LAMMPS的文件;
  • 导入LAMMPS 分子动力学轨迹,并使用VNL中的分析功能进行分析。

现在申请【获取永久免费学术版的VNL图形界面,即可获得这些功能!


使用VNL快速构建结构模型

  • 导入数据库中的结构
  • 导出LAMMPS的数据格式
  • 构建块体、表面、界面结构
  • 构建分子模型
  • 构建随机合金、多晶体系
  • 构建无定形体系
  • 使用packmol将分子充填到晶胞

更多详细介绍,请参见:【VNL的建模功能


使用 VNL 分析 LAMMPS 的结果vnl-md-analyzer

  • VNL支持超大体系的显示和分析
    • 原子数可达百万级
  • VNL可以直接由分子动力学轨迹得到体系的各种分布函数和性质:
    • 径向分布函数
    • 速度/动能分布
    • 速度自相关函数
    • 局域质量密度分布
    • 局域应力分析
    • 从MD轨迹计算声子DOS
    • 配位数分析
    • 角分布函数
    • 均方位移
    • Evolution of average nearest neighbor number with tine
    • 中子散射结构因子
    • 弹性常数(应力-应变曲线)
  • 多种函数重叠作图
    • 支持柱状图、线状图
  • 显示MD模拟过程的原子速度
  • 显示MD动画并支持自定义显示、按帧导出结构
  • 导出动画文件

相关实例教程

使用VNL产生无定形结构Amorphous_builder_after_cooling

VNL和LAMMPS一起使用进行分子动力学研究lammps_localstructure

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