石墨烯片的共价功能化用于质粒 DNA 递送(RSC adv. 2023)

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摘要 将基因输送到细胞中用于治疗和实验目的,常用的几种方法包括质粒转染和病毒载体。由于疗效有限和安全性问题值得怀疑,研究人员正在寻找更好的新方法。石墨烯在各种医学应用中引发了人们的兴趣,包括基因递送,它可能比传统的病毒载体更安全。 在最近的一项研究中,研究人员成功地用多胺对原始石墨烯片进行了功能化,以允许质粒 DNA(pDNA) 负载并增强其向细胞的递送。连接到多胺基团的四乙二醇衍生物成功地将石墨烯片共价官能化,以提高其水分散性,以及与 pDNA 相互作用的能力。使用光学显微镜、透射电子显微镜观察,验证了石墨烯片的分散性的改善。 使用 AMS 中的 BAND 模块进行的周期密度泛函理论计算表明,pDNA(由 pDNA 中的 G-T 碱基对表示)与功能化石墨烯之间存在强结合。此外,在 AMS 中的 QTAIM 被用于揭示功能化石墨烯和 pDNA 之间的键合性质。 参考文献 M. Assali, N. Kittana, N. Badran, S. Omari, Covalent functionalization of graphene sheets for plasmid DNA delivery: experimental and theoretical study, RSC advances, 13(10), 7000-7008, 2023

Simpleware教程:结合使用涂画和插值工具分割纤维

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本文将向您介绍 Paint 和 Paint with threshold 工具的插值切片选项功能。该工具对于在一个轴向上具有相似横截面或相邻材料间没有对比度区域的分割非常有用。 数据来源:Simpleware 软件数据文件 FibresFiles 1. 图像处理 1.1 准备数据 数据重采样 打开项目文件 1_Fibres.sip 一般建议分割出的最小特征至少是 5 个体素大小,这样可以精确地描述几何形状。在这个数据中,纤维的最小特征是它们在 Z 方向上的单个厚度,大约为 15 个体素。因此,可以对数据进行重采样,减小数据规模,从而缩短处理时间。而且纤维间的交界处没有对比度,也不需要担心降低了这些点的分辨率。 对齐数据 切片插值工具是作用在三个轴向上的,因此如果数据对齐会使纤维沿图像轴的方向贯穿,将节省大量的分割时间。 放大 XY 2D 切片视图,滑动至第 85 张切片,可以清晰看到纤维的方向。打开 Align 工具,应用对象选择 All (backgrounds + masks),Rotation 方法选择 Align vector with axis。点击 Pick 按钮在 XY 切片视图中选择某一条纤维边缘上 A 和 B 两个点,Rotation axis 选择 X。 图2:纤维在 X 轴对齐的矢量 […]

心室心肌的高保真三维微观力学模型

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概述 肺动脉高压(PAH)等心脏疾病会造成心脏组织结构和力学行为发生实质性改变。PAH 使心脏右心室(RV)长期压力超负荷,右心室最初通过肌纤维肥大增厚以减轻壁应力的增加,但随后扩张并失去收缩功能,导致右心室衰竭。有研究表明,压力超负荷导致的右心室重构是右心室功能不良预后的主要预测因素之一。因此,量化右心室的力学状态,通过开发计算模型更好地了解 PAH 引起重塑的发生、发展和潜在可逆性的影响因素十分必要。 通过心脏的多尺度计算建模,将细胞尺度与组织尺度行为联系起来,可以提高对心脏重塑的理解,并更好地确定治疗靶点。本研究结合共聚焦显微镜技术、软组织力学和有限元建模,开发了一种高保真的心室心肌微观解剖学仿真模型。 亮点 基于兔心肌的高分辨率 3D 成像数据创建三维模型在Simpleware FE 中生成高质量的网格模型在 FEniCS 软件中进行有限元分析 图像处理 取直径为 5mm 的新西兰大白兔左心室心肌样本,冷冻 100 μm 厚的切片,标记切片并在 Fluoromount-G 内密封使其不受压。通过激光扫描共聚焦显微镜获得三维图像堆栈,成像组织体积为 204 × 204 × 60 μm。 采用分水岭算法和基于直方图的阈值分割半自动方法对三维组织结构进行分割和重建。为简化初始有限元模型的开发,将肌细胞连接并组合成“肌纤维”相,而不是单个肌细胞。冠状血管、成纤维细胞和细胞外空间被合并成“细胞外基质(ECM)”或“胶原”相,消除模型域中的空洞。在 Simpleware ScanIP 中利用 Island removal 去除孤岛,使用 Recursive Gaussian 滤波器平滑。在 Simpleware FE 模块中生成由约 110 万个线性四面体单元组成的体积网格。经过图像处理后,肌细胞的方向与 e1 轴对齐,交叉纤维方向与 e2 轴对齐。 图1:左图依次为心肌细胞、冠状动脉血管、成纤维细胞、细胞外空间。中图:肌细胞组成肌纤维相(红色),放大突出显示的为代表性肌细胞;冠状动脉血管、成纤维细胞和细胞外空间合并为细胞外基质相(灰色)。右图:FE 模型横截面展示肌纤维单元嵌入在 ECM单元中。 模拟 单层仿真 基于结构的模型最初是为了具有更分散纤维分布的组织尺度肌纤维/胶原蛋白/相互作用应力而开发。因此,作为微观解剖模型的拟合目标,使用微观解剖有限元几何高度对齐的结构和基于结构的模型模拟应力应变响应。在开源软件 FEniCS 中不同双轴应变配置 E11:E22 = 0.30:0.30、0.30:0.15 和 0.15:0.30 下,对模型的边界表面施加变形。 […]

SimpleWare教程:纤维分析

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Simpleware 软件中包含许多有助于分析纤维数据的工具,主要用于理解取向分布和计算各种统计数据。本教程将展示无需单独进行图像分割的纤维分析核心功能。 数据来源:Simpleware 软件数据文件夹 FibreOrientation 1. 背景图像中心线 1.1 准备数据 打开 Fibres.sip 项目文件,3D 视图自动生成体积渲染模型 图1:Simpleware ScanIP 中生成的纤维材料体积渲染模型 1.2 由背景图像生成中心线 打开 Measurements — Centrelines — Create centrelines 工具,确认 Input 是 Active background (Fibres),设置捕捉纤维中心的阈值范围为 128-255。(对于中空纤维,可能需要一些前处理,例如使用 Laplacian of Gaussian 滤波器。)通过计算穿过单个纤维的体素乘以体素间距设置接近于纤维直径的 Feature diameter (mm) 参数。针对本例数据,该值设为 0.03。勾选 Isolated lines (fibres),显示 Pruning sensitivity、Joining angle threshold 和 Remove short lines 的设置选项,保持默认即可。依次点击 Create 和 OK。放大 3D […]

机器学习力场 M3GNet(或 DFT)预测锂电池材料中锂嵌入势

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本文实现功能简介 因为 M3GNET 是针对这类锂电池材料结构的能量而训练得到的力场,因此能够很好地、符合预期地再现这些材料中的 Li 嵌入势。下图是 M3GNET 与 DFT 或实验结果的对比: 因此 M3GNET 可以用于筛选未知材料,或快速评估给定成分的 Li 嵌入势。不过 M3GNET 无法很好地描述脱锂前后体积的变化,因为它是基于 PBE(+U) 训练的,并且一些相关材料的结构没有用该理论水平很好地描述(理想情况下,结构应使用 BAND 和SCAN泛函进行计算)。 本文提供了一个基于 PLAMS 的 Python 脚本,可以调用 M3GNET 力场或者基于DFT的 BAND 模块进行计算,对不同材料的Li嵌入势进行筛选。其中 Li 嵌入势的定义,例如对 LinO6Ti3: VLi = [E(LinO6Ti3) -E(O6Ti3)-E(Li)*n]/n 脚本还计算了晶胞体积变化:V(O6Ti3) – V(LinO6Ti3) 脚本的使用 下载压缩文件并解压,得到一个 cif 文件夹以及一个 Python 脚本名为 Li_potential.py。其中 cif 文件夹存放的是样本结构,可以存放多个。筛选时,用户可以基于这些样本结构,分别替换其中的过渡金属和氧元素,然后计算上述两种数据。 用户可以通过如下2行修改过渡元素和替换氧元素的元素列表: tm_list = [‘Ti’,’V’,’Cr’,’Co’,’Mn’,’Fe’,’Ni’] anion_list = [‘O’,’S’] […]

改质煤沥青的分子结构建模及其原子尺度的焦化机理研究(Fuel 2023)

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相关背景 煤沥青是煤焦油蒸馏工艺的副产品,由于其具有含碳量高、杂元素含量低、廉价且来源广泛等优势。对煤沥青进行改质可以获得更高的结焦值和软化点,改质煤沥青是石墨电极、碳纤维、碳纳米管、C/C复合材料等高附加值碳制品的重要优质原料。改质煤沥青的焦化是制备高附加值碳素产品的必经工序,它决定了产品的真密度、机械强度、电导率、石墨化度等性能。探索改质煤沥青焦化机理对优化高附加值碳材料的制备工艺具有重要意义。然而,现有科学文献对MCTP的微观结构组成及焦化过程的深度演化机制研究较少,本文精确构建了改质煤沥青的分子结构模型,并基于ReaxFF分子动力学方法对改质煤沥青的焦化机理在原子尺度上进行了深度研究,为实现改质煤沥青更高值化的利用,以及高附加值碳材料制备工艺的改进提供理论了依据。 研究亮点 通过一系列的检测分析(XRD, 13C NMR, FT-IR, XPS, MALDI-TOF-MS等)获得了MCTP的微观结构特征和组成。MCTP的碳骨架主要由芳香结构组成,芳香结构单元主要为苯和萘。脂肪族结构主要以甲基和亚甲基的形式存在。MCTP的分子量分布集中在1500 Da范围内。MCTP中含O、N和S的官能团分别以醚、季氮和无机硫的形式存在。在此基础上,建立了能够表征改质煤沥青微观结构特征和组成的分子模型(C93H59NO)。利用AMS2019软件中ADF模块计算改质煤沥青分子模型的量化性质,得到的13C NMR和FTIR图谱与实际检测结果吻合,验证了模型的合理性。 运用所建立的分子模型、ReaxFF MD模拟(AMS2019软件ReaxFF模块)、TG-MS、XRD和SAXS分析,揭示了改质煤沥青焦化过程中的挥发份去除及结焦机理。改质煤沥青焦化过程中挥发物的去除是由改质煤沥青分子边缘结构的破坏和活性自由基的产生引起的。主要挥发产物为H2、H2O、CO、CH4和C2H4。挥发分主要在430 ~ 900 K的温度范围内析出。对于焦化过程,XRD和SAXS分析表明,沥青焦样品的结晶和石墨化程度在挥发分去除阶段(低于973 K)被破坏,在高温阶段(>高于973 K)得到改善,Lc、Nc、La、Rg和孔隙率在1573 K时分别达到3.81 nm、12.03 nm、1.68 nm、18.54 Å和9.9%。在ReaxFF MD模拟过程中,沥青焦核的真密度(最终为2.2 g/cm3)、RDF临界峰强度、sp2杂化键比例(最终为41.4%)和六元环比例(最终为63.3%)均呈现先下降后上升的趋势。实际检测分析(XRD、SAXS)和ReaxFF MD模拟得到的结论可相互映证。沥青焦核的形成可分为两个阶段:焦核的形成阶段和有序化阶段。在形核阶段,改质煤沥青分子中的开环反应和脂肪链的交联导致了初级焦核的形成,主要通过三条反应路径,在路径一中,芳香烃通过芳香甲基直接连接;在路径二中,由边缘六元环断裂形成脂肪链,然后通过脂肪链结合实现芳烃的聚合;在路径三中,两个芳烃边缘的C原子相互结合形成五元或七元环结构。在有序化阶段,在初级焦核内会发生缩聚和芳构化反应,最终形成沥青焦微晶核。 图1 文章摘要图 图2 研究流程示意图 图3 改质煤沥青分子结构模型及验证 图4 改质煤沥青结焦机理图 参考文献 Zihan You, Jin Xiao, Gang Wang, Zhen Yao, Ye Wan, Qifan Zhong, Molecular representation and atomic-level coking evolution investigation of modified coal tar pitch […]

SCM公司在线讲座 – AMS2023新功能、能量分解分析、精确Kohn-Sham势

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2023年5月17日周三晚9点(北京时间) – Matti Hellström, SCMAMS2023新功能2023年5月24日周三晚9点(北京时间) – Célia Fonseca Guerra, Vrije Universiteit AmsterdamEDA方法与应用 (EDA tutorial)2023年6月7日周三晚9点(北京时间) – Evert Jan Baerends, Vrije Universiteit Amsterdam使用精确Kohn-Sham势计算激发能

微孔结构中速度和压力分布的孔隙级 CFD 研究

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概述 多孔金属结构具有独特的高孔隙体积、高表面积和高杨氏模量的组合特性,广泛应用在与流体、热、压力波和机械冲击相互作用的材料中,适合作为各种工程和工业应用中的承重结构。典型的应用领域包含二氧化碳捕集和能量储存、过滤和减少废物、吸声、生物医学设备、能源(石油和天然气)和冶金加工。其他应用还包括如热交换器和吸声器的材料、水泥窑中的交换介质以及稠油和蒸汽辅助重力泄油(SAGD)技术中的下一代筛管材料。 本项目提出了一种基于微观尺度层析成像数据的孔隙结构表征和计算流体动力学(CFD)的建模方法,并模拟了流体在“真实”和“自适应”多孔金属结构中的流动分布。深入理解流体从达西到惯性的流动形态,并证实孔隙结构相关参数与多孔介质流体流动特性的关系。 亮点 在 Simpleware ScanIP 重建真实结构、创建“自适应”结构、表征孔隙;在 Simpleware FE 生成高质量的网格模型;在 Simpleware FLOW 模拟多孔介质流体流动特性,研究其与孔隙结构相关参数的关系。 图像获取 使用蔡司 Xradia Versa XRM-500 三维 x 射线 CT 显微镜获取高多孔金属样品的断层扫描数据集,材料为 Inconel 450 μm、Inconel 1200 μm、Recemat RCM-NCX 1723、Recemat RCM-NCX 1116 和 Porvair 7PPI 泡沫。 在 Simpleware ScanIP 中将 2D 灰度层析成像数据集渲染成 3D 结构,从大型样品中心截取一个 6-12 倍于结构平均孔径的长方体代表性体积单元(RVE)。阈值大小也会对微观结构的拓扑及宏观参数产生影响,处理后的 3D 代表性体积与完整样品的孔隙率最小偏差仅为 ±2 %。 图1:通过 CT 扫描重建 Inconel […]

Am(VI)多酸盐与镧系元素的超滤分离(Nature 2023)

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摘要 镅是核能发电的一种中子捕获副产品,也是高放废物长期放射性毒性的主要来源。利用快堆有效地回收镅,然后将其嬗变为短寿命或稳定的核素,将大大减少核能对环境的影响。 然而,具有高中子俘获截面的镧系元素(Ln)(例如$^{157}$Gd)的共存严重限制了嬗变效率。克服这一障碍需要开发有效分离镅和镧系元素的方法,几十年来,这一直是核工业的一个长期挑战。这一困难主要源于它们相似的化学行为:镅和镧系元素都以热力学稳定的三价阳离子形式存在于溶液中,具有几乎相同的离子半径和配位化学属性。传统的分离方法利用Am(III)和Ln(III)离子之间微妙的键合差异,即含有氮或硫给体的萃取剂使Am(III)优先分配于Ln(III)。但这种分离策略仍然受到Am(III)和Ln(III)之间的有限区分的阻碍,更值得注意的是,过程产生了大量的二次放射性液体废物。 Am(III)氧化为Am(VI)产生的AmO$_2^{2+}$离子与Ln(III)离子不同,原则上具有促进分离的潜在可能性,但传统分离方案(包括溶剂和固体萃取)所需的辐射分解产物和有机试剂,将Am(VI)快速还原回Am(III),不利于氧化还原分离。 最近,来自苏州大学、清华大学、布鲁克(北京)科技有限公司、上海科技大学,以及德国、美国的多家机构合作研究,报道了一个纳米尺度的多酸盐(POM)簇,在硝酸介质中,其空位位点对六价锕系元素($^{238}$U, $^{237}$Np, $^{242}$Pu和$^{243}$Am)选择性配位相容性,比三价镧系元素更好。该团簇是迄今为止在水介质中观察到的最稳定的Am(VI)物质。纳米级Am(VI)-POM团簇与水合镧系离子的超滤分离可由市售细孔膜实现,能够促进一次通过的镅/镧系离子分离方法的发展,该方法高效快速,不涉及任何有机成分,并且需要最小的能量输入。 本文理论计算采用AMS软件ADF模块完成,利用EDA-NOCV方法分析其化学键性质,并使用CP2K进行了结构部分约束的NVT系综第一性原理分子动力学模拟。 参考文献 Ultrafiltration separation of Am(VI)- polyoxometalate from lanthanides, Hailong Zhang, Ao Li, Kai Li, Zhipeng Wang , Xiaocheng Xu , Yaxing Wang, Matthew V. Sheridan , Han-Shi Hu , Chao Xu, Evgeny V. Alekseev , Zhenyi Zhang , Pu Yan , Kecheng Cao , Zhifang Chai , […]

芯片粘装用瞬时液相烧结铜-焊料-树脂微观结构的变形行为

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概述 混合动力电动汽车和其他电力电子系统的快速发展增加了对功率模块中高可靠性键合技术的需求,电源模块要在高功率和高频率下运行,且具备高度集成性和小型化的特点。下一代半导体材料碳化硅(SiC)能够代替传统材料提供更低的功率损耗、更高的开关速度和工作温度。粘合层也暴露在很高的温度下,因此也应该提高接头的性能指标和可靠性。 本项目提出了一种利用 Cu 颗粒与 Sn 基焊料瞬时液相烧结(TLPS)的低温结合技术作为高温功率模块的贴片解决方案。铜-金属间化合物-树脂(Cu-IMC-resin)的微观结构由 Cu 颗粒与部分填充有聚酰亚胺树脂的 Cu-Sn 金属间化合物(IMCs)连接而成,采用新型铜-焊料-树脂复合材料作为氮气气氛中的接合材料通过 250℃ 下 1 分钟的无压 TLPS 工艺获得。然后利用三维图像重建模型的有限元分析评估 Cu-IMC-resin 独特微观结构的宏观和微观变形特性。 亮点 采用Cu 颗粒与 Sn 基焊料瞬时液相烧结(TLPS)的低温键合技术在 Simpleware 中处理Cu-IMC-resin的图像数据并生成高质量的网格模型在 ANSYS Workbench 中模拟微观结构的宏观和微观变形特性 图像获取 Cu-焊料-树脂复合材料是一种含有 Cu 颗粒、Sn-3Ag-0.5Cu(SAC305)焊料颗粒和聚酰亚胺(PI)热固性树脂的糊状物。Cu 颗粒和焊料颗粒的尺寸分别约为 10 µm和 3 µm,铜的重量百分比含量大约是焊料的三倍。使用 Cu-焊料-树脂复合材料将 SiC 芯片键合到直接键合铜(DBC)基板上,芯片尺寸约为 8 × 8 × 0.3 mm,表面镀有 Ni/Au 金属。DBC 基板由两个连接到 0.6 mm厚氮化硅(Si3N4)基板上的 0.3 mm铜电极组成。在氮气气氛中使用无压回流工艺在 100℃ 下预热 […]

 
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