ADF Highlight:使用QUILD模拟Ditopic离子对受体(2009, Angew. Chem. Int. Ed.)

Posted · Add Comment

参考文献:

T. van.der.Wijst, C. Fonseca Guerra, M. Swart, F. M. Bickelhaupt and B. Lippert, A Ditopic Ion-Pair Receptor Based on Stacked Nucleobase Quartets. Angewandte Chemie International Edition 48 (18), 3285 (2009).

Ditopic受体G4NaClA4

Ditopic受体G4NaClA4

 

化合物的相对能量

化合物的相对能量

阳离子与A4 (A = adenine)通过tetrastrandedRNA分子中四个环外氨基团结合,这种性质令人困惑,由此带来一个可能性:纳阳离子可能实际上是阴离子。

从计算结果来看,鸟嘌呤和4个腺嘌呤堆叠形成化合物G4A4,成为稳定的盐NaCl的水溶液中的ditopic受体。除了生物化学(结构和DNA端粒的稳定性),潜在的相关科技(从水中提取盐)之外,在计算/技术方面也是亮点:水中,8个DNA碱基+NaCl(150原子),通过氢键、π堆叠以及供体-受体键。

本文采用ADF进行计算,使用色散修正泛函DFT-D(处理堆叠的相互作用),QUILD模块用来进行结构优化。

关键词:dispersion-corrected DFT (DFT-D), solvent effects (COSMO), geometry optimization (with QUILD)

 
  • 标签

  • 关于费米科技

    费米科技以促进工业级模拟与仿真的应用为宗旨,致力于推广基于原子级别模拟技术和基于图像模型的仿真技术,为学术和工业研究机构提供研发咨询、软件部署、技术攻关等全方位的服务。费米科技提供的模拟方案具有面向应用、模型新颖、功能丰富、计算高效、简单易用的特点,已经服务于众多的学术和工业用户。

    欢迎加入我们!(点击链接)

  • 最近更新

  • 联系方式

    • 留言板点击留言
    • 邮箱:sales_at_fermitech.com.cn
    • 电话:010-80393990
    • QQ: 1732167264
  • 订阅费米科技新闻

    • 邮件订阅:
      您可以使用常用的邮件地址接收费米科技定期发送的产品更新和新闻。
      点击这里马上订阅
    • 微信订阅:
      微信扫描右侧二维码。
  •