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atk:计算中止如何重启

这是本文档旧的修订版!


计算中止如何重启

版本:

在本教程中,您将学习如何重新启动在收敛之前终止了的计算(例如,由于断电、超过队列中的挂起时间或超过最大迭代次数的原因)而无需从头开始。

P-2019.03

保存检查点文件

例如由于断电或队列中作业运行超过分配时间,在收敛之前计算终止的情况可能会发生。也有可能是由在设置的最大迭代步数之内未达到收敛导致的。在这些情况下,您将想要从停止的位置重新启动作业。

为此,QuantumATK 会定期将计算的当前状态保存到检查点文件中。默认设置是每 30 分钟保存一次。检查点文件的名称始终写在日志文件中。

+------------------------------------------------------------------------------+
| Checkpoint Handler                                                           |
| Filename : /tmp/checkpoint28146777.nc                                        |
| Interval : 0.5 h                                                             |
+------------------------------------------------------------------------------+
 
                            |--------------------------------------------------|
Calculating Eigenvalues    : ==================================================
Calculating Density Matrix : ==================================================
 
+------------------------------------------------------------------------------+
| Density Matrix Report                      DM[U]     DM[D]      DD           |
+------------------------------------------------------------------------------+
|   0  Fe   [  0.717 ,  0.717 ,  0.716 ]    5.39789   2.59547  -0.00664        |

注意

检查点文件的默认位置在由环境变量 TEMP 指定的目录中。如果您在大型集群上运行,则可能无权写入 TEMP 目录,即使您写入了,也可能会在作业完成时自动删除您在此目录创建的任何文件–即使 QuantumATK 计算没有收敛。在这种情况下,重要的是手动指定检查点文件的位置,如在您的 HOME 目录中。

指定检查点文件的位置

下图展示了怎样通过 QuantumATK Script Generator New Calculator 模块设置保存间隔和检查点文件的名称。

如果您需要,可以参考 Reference Manual 获取有关如何设置这些参数或关闭检查点处理程序的更多信息。

指定检查点文件的位置

重启初始脚本

重启结构优化

参考

atk/计算中止如何重启.1561880178.txt.gz · 最后更改: 2019/06/30 15:36 由 xie.congwei

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