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atk:缺陷碳纳米管的杨氏模量 [2016/09/24 15:23] – [可视化和结果分析] nie.han | atk:缺陷碳纳米管的杨氏模量 [2018/03/20 22:17] (当前版本) – liu.jun | ||
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===== 添加Python挂钩 ===== | ===== 添加Python挂钩 ===== | ||
- | 在ATK中可以定义“挂钩”;即在每个MD步之前或之后被触发的Python函数或类。这些挂钩可被用来提供自定义的实时分析或者监测系统,或者-如本实例-在模拟的过程中动态地修改结构。 | + | 在QuantumATK中可以定义“挂钩”;即在每个MD步之前或之后被触发的Python函数或类。这些挂钩可被用来提供自定义的实时分析或者监测系统,或者-如本实例-在模拟的过程中动态地修改结构。 |
你现在将定义一个预处理挂钩用以在每一步分子动力学模拟中给纳米管一个小的拉伸: | 你现在将定义一个预处理挂钩用以在每一步分子动力学模拟中给纳米管一个小的拉伸: | ||
行 196: | 行 196: | ||
===== 计算杨氏模量 ===== | ===== 计算杨氏模量 ===== | ||
- | 为了正确地计算杨氏模量,有必要考虑模拟域的总体积。ATK得出的应力必须乘以晶胞的总体积然后除以纳米管的体积。 | + | 为了正确地计算杨氏模量,有必要考虑模拟域的总体积。QuantumATK得出的应力必须乘以晶胞的总体积然后除以纳米管的体积。 |
- | 有几种定义CNT体积的方法。一个通常的定义方法是说纳米管壁在管壁处向内外分别伸出半个$\pi$键长,所以它是一个具有厚度等于$\pi$键长(约为1.35Å)的圆柱壳,也就是说横截面积为1.35Å乘以纳米管的周长。一个(5, | + | 有几种定义CNT体积的方法。一个通常的定义方法是说纳米管壁在管壁处向内外分别伸出半个$\pi$键长,所以它是一个具有厚度等于$\pi$键长(约为1.35Å)的圆柱壳,也就是说横截面积为1.35Å乘以纳米管的周长。一个(5, |
* 在脚本底部,删除语句 | * 在脚本底部,删除语句 | ||
行 260: | 行 260: | ||
现在可以执行脚本。你可以下载以下脚本来确保你做了正确的编辑: | 现在可以执行脚本。你可以下载以下脚本来确保你做了正确的编辑: | ||
- | mdtrajectory_cnt.py | + | {{ : |
点击{{: | 点击{{: | ||
行 292: | 行 292: | ||
===== 参考文献 ===== | ===== 参考文献 ===== | ||
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+ | [KDE+98] (1, | ||
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+ | [SPAS+99] Daniel Sánchez-Portal, | ||
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+ | 本文翻译:王吉章 | ||