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atk:导入_导出结构文件 [2016/08/10 15:09] – 创建 nie.han | atk:导入_导出结构文件 [2018/03/20 22:27] (当前版本) – liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
====== 导入和导出文件 ====== | ====== 导入和导出文件 ====== | ||
- | <WRAP center round box 100%> | + | <WRAP center round box 60%> |
**VNL: | **VNL: | ||
+ | |||
**支持平台:linux,Windows,Mac** | **支持平台:linux,Windows,Mac** | ||
- | **在本手册中您将会学习到如何使用Builder在Virtual NanoLab(VNL)中导入和导出文件。** | + | 在本手册中您将会学习到如何使用Builder在Virtual NanoLab(VNL)中导入和导出文件。 |
- | **目前所支持导入和导出文件的扩展名: | + | 目前所支持导入和导出文件的扩展名: |
- | .py, .nc, .xyz, .car, .in, .cell, .geon, .cif, POSCAR, CONTCAR, .traj, .fdf** | + | **.py, .nc, .xyz, .car, .in, .cell, .geon, .cif, POSCAR, CONTCAR, .traj, .fdf** |
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+ | * 打开**VNL**并点击垂直菜单中左侧栏顶端的**Builder**按钮。 | ||
+ | * **Builder**窗口出现: | ||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | ===== Stash项目 ===== | ||
+ | <WRAP center round important 100%> | ||
+ | **注意** | ||
+ | Stash就像用来放您所有结构的小桌面!您可以删除、添加和拷贝结构。双击您的Stash中的任何一个结构就可以将其可视化。 | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | Stash的功能非常简单和直接。下面的演示将会突出一些主要的选项和功能。 | ||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | ===== 从数据库添加 ===== | ||
+ | 建立结构最简单的方法之一是使用**VNL数据库**。 | ||
+ | 简单地使用 Add ‣ From Database 来增加一个已知的结构在**Stash**中: | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | 数据库提供的结构分为三类:**晶体**,**分子**和**富勒烯**。 | ||
+ | |||
+ | * 您可以搜索结构并从一些列合适的结构中选择。 | ||
+ | * 使用{{: | ||
+ | |||
+ | ===== 从文件添加 ===== | ||
+ | |||
+ | 如果您有先前的**VNL** project中的文件,或者从数据库或者从其他软件,将他们导入**VNL**非常简单: | ||
+ | |||
+ | * 使用 Add ‣ From Files 和 从相关文件导入结构 | ||
+ | |||
+ | 也记得选择您的文件的文件类型或扩展名(见下图)。 | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | ===== 从插件添加 ===== | ||
+ | **VNL Builder**为了创建结构提供了一些列的插件。 | ||
+ | |||
+ | * 使用 Add ‣ From Plugin 来找到有用的插件的列表。 | ||
+ | |||
+ | 插件列表是可以拓展的: | ||
+ | |||
+ | * 使用 Help ‣ AddOn Manager 来找到新的用于VNL的插件。 | ||
+ | |||
+ | <WRAP center round info 100%> | ||
+ | **注意** | ||
+ | 插件数据库是持续更新的,您甚至能够您自己的(Python)插件,并将它们加入列表。 | ||
+ | </ | ||
+ | |||
+ | {{ : | ||
+ | |||
+ | ===== 保存和导出结构 ===== | ||
+ | |||
+ | * 通过右键点击并选择File来保存结构。 | ||
+ | |||
+ | 两个最重要的选项是 Save as 和 Export configuration。许多导出文件格式是支持的,除了 **QuantumATK** 本来的 .nc 格式: | ||
+ | {{ : |