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atk:使用vnl-gui构建结构模型 [2016/11/03 10:47] – [导入其他结构文件] dong.dong | atk:使用vnl-gui构建结构模型 [2018/03/20 18:31] (当前版本) – liu.jun | ||
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**VNL Builder** 是VNL的全功能建模工具,内含结构数据库、结构操作工具、转换工具,以及多种的模板建模工具。 | **VNL Builder** 是VNL的全功能建模工具,内含结构数据库、结构操作工具、转换工具,以及多种的模板建模工具。 | ||
- | **VNL Builder** 还支持直接在线查询Crystallography Open Database (COD)中的几十万种晶体结构数据。 | ||
- | ===== VNL-ATK支持的结构模型 ===== | + | |
+ | ===== QuantumATK支持的结构模型 ===== | ||
在Builder中可以创建Bulk、Device、Molecule和NEB四种结构模型,他们分别支持: | 在Builder中可以创建Bulk、Device、Molecule和NEB四种结构模型,他们分别支持: | ||
^ 模型名称 | ^ 模型名称 | ||
- | | Bulk | 晶体结构素单胞、结晶学单胞、超胞、表面Slab、界面Slab等周期结构体系 | + | | Bulk | 晶体结构素单胞、结晶学单胞、超胞、表面Slab、界面Slab等周期结构体系 |
- | | Device | + | | Device |
- | | Molecule | + | | Molecule |
- | | Surface | + | | Surface |
- | | NEB | 用于NEB计算的初始路径,含有从初始结构到最终结构的一系列结构 | + | | NEB | 用于NEB计算的初始路径,含有从初始结构到最终结构的一系列结构 |
通常计算模拟的基本模型是Bulk模型,这里的Bulk是广义的三维周期结构模型(相对于Device和Molecule模型而言),这包括所有带有三维周期边界条件的体系,例如带有真空填充层的表面Slab模型。 | 通常计算模拟的基本模型是Bulk模型,这里的Bulk是广义的三维周期结构模型(相对于Device和Molecule模型而言),这包括所有带有三维周期边界条件的体系,例如带有真空填充层的表面Slab模型。 | ||
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==== 导入其他结构文件 ==== | ==== 导入其他结构文件 ==== | ||
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- | === 支持的文件格式 === | ||
VNL Builder支持导入几乎可以导入所有常见类型的结构文件。例如:包括:XYZ(*.xyz)、CAR(*.car)、CASTEP(*.cell、*.geom)、CIF(*.cif)、FHI-aims(*.in)、Quantum Espresso(*.in)、ASE(*.py)、VASP(POSCAR、CONTCAR)等。 | VNL Builder支持导入几乎可以导入所有常见类型的结构文件。例如:包括:XYZ(*.xyz)、CAR(*.car)、CASTEP(*.cell、*.geom)、CIF(*.cif)、FHI-aims(*.in)、Quantum Espresso(*.in)、ASE(*.py)、VASP(POSCAR、CONTCAR)等。 | ||
- | + | ==== 在线检索结构数据库 ==== | |
+ | **VNL Builder** 还支持直接在线查询Crystallography Open Database (COD)中的几十万种晶体结构数据,详见:[[atk: | ||