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--- atk:使用vnl-gui构建结构模型 [2016/01/09 17:38] – 创建 fermi
+++ atk:使用vnl-gui构建结构模型 [2018/03/20 18:31] (当前版本) – liu.jun
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+====== 使用VNL-GUI构建结构模型 ======
 ===== 建模工具 =====
-Builder是VNL的全功能建模工具，可以创建Bulk、Device、Molecule和NEB四种结构模型，他们分别支持：
+**VNL Builder** 是VNL的全功能建模工具，内含结构数据库、结构操作工具、转换工具，以及多种的模板建模工具。
-^  模型名称      ^ 支持的模型                            ^
-|  Bulk      | 晶体结构素单胞、结晶学单胞、超胞、表面、界面等周期结构体系    |
-|  Device    | 基于开放边界条件的双电极器件体系                 |
-|  Molecule  | 非周期的孤立体系                         |
-|  NEB       | 用于NEB计算的初始路径，含有从初始结构到最终结构的一系列结构  |
+===== QuantumATK支持的结构模型 =====
+在Builder中可以创建Bulk、Device、Molecule和NEB四种结构模型，他们分别支持：
+^  模型名称      ^ 支持的体系                            ^ 边界条件    ^ 支持的计算工具           ^
+|  Bulk      | 晶体结构素单胞、结晶学单胞、超胞、表面Slab、界面Slab等周期结构体系    | 周期边界条件  | 可用于QuantumATK、VASP等进行计算  |
+|  Device    | 基于开放边界条件的双电极器件体系，模拟器件和材料的界面                 | 开放边界条件  | 仅用于QuantumATK计算          |
+|  Molecule  | 非周期的孤立体系                         | 狄利克雷边界条件  | 仅用于QuantumATK计算          |
+|  Surface   | 单边半无限表面模型 （QuantumATK独有模型）          | 开放边界条件+Neumann边界条件 | 仅用于QuantumATK计算 |
+|  NEB       | 用于NEB计算的初始路径，含有从初始结构到最终结构的一系列结构  | --      | 可用于QuantumATK、VASP等进行计算  |
+通常计算模拟的基本模型是Bulk模型，这里的Bulk是广义的三维周期结构模型（相对于Device和Molecule模型而言），这包括所有带有三维周期边界条件的体系，例如带有真空填充层的表面Slab模型。
+其中Bulk、Device、和Molecule三种模型可以在一定条件下相互转换。
+===== 构建块体材料结构模型 =====
+新建块体材料结构模型主要有以下几种方法：
+  * 手头有其他结构文件如CIF、POSCAR等，可以直接导入Builder；
+  * 在内置的数据库中直接搜索得到需要的结构；
+  * 石墨烯一类的NanoSheet、NanoRibbon等结构可以从内置的模板新建；
+  * 手头有结晶学数据，可以从Crystal Builder创建晶体结构。
+==== 导入其他结构文件 ====
+VNL Builder支持导入几乎可以导入所有常见类型的结构文件。例如：包括：XYZ（*.xyz）、CAR（*.car）、CASTEP（*.cell、*.geom）、CIF（*.cif）、FHI-aims（*.in）、Quantum Espresso（*.in）、ASE（*.py）、VASP（POSCAR、CONTCAR）等。
+==== 在线检索结构数据库 ====
+**VNL Builder** 还支持直接在线查询Crystallography Open Database (COD)中的几十万种晶体结构数据，详见：[[atk:vnl的结构数据库功能|]]。
-在Builder中可

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