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atk:水分子lumo轨道可视化

这是本文档旧的修订版!


水分子的 LUMO 轨道可视化

在本教程中,您将学习如何可视化分子轨道。以水分子为例,您将可视化其 LUMO 轨道。具体来说,您将:

  • 构建分子。
  • 估算在 DFT 水平上的单点计算。
  • 获得分子生成能谱并可视化 LUMO 轨道。

构建分子

1. 打开 QuantumATK,点击 Create New 创建新项目。填写项目 Title (此处为:“Water_LUMO”),选择存储数据的文件夹,然后依次点击 OKOpen 开启项目。

2. 在 QuantumATK 的主窗口,点击 按钮打开 Builder

3. 在 Stash 区域,点击 Add New Configuration。一个氢原子将出现在 Stash 区和 Builder 的预览窗口。

4. 点击 Coordinate Tools Translate。勾选 Copy 选项,将 Z 值增加到 1 Å,点击 Apply 按钮 2 次用以再添加 2 个氢原子。

5. 转到预览窗口,按下 Ctrl + R 组合键使视图居中,选中位于中间位置的原子,利用工具栏的 Modify Element 工具将其替换为氧原子。

6. 在按住键盘上 Ctrl 键的同时单击鼠标左键选中所有原子,选择 Coordinate Z-matrix设置如下图所显示的距离和角度(H-O 距离为 0.972278 Å,H-O-H 角度为 102.75°)

您现在已经完全地从零开始创建了水分子!

注意

当然完全没有必要每次都从头开始创建结构。除此之外,您还可以从 Database 导入构型。

  • Stash 区,选择 Add From Database。
  • 在菜单中点击 Databases Molecules,搜索窗口中搜索 “Water”
  • 选中 “Water” 双击或用 按钮将其添加到 Stash

计算 LUMO 轨道

1. 在 Builder,点击最右下角的 ,选择 Script Generator

2.在 Scripter,双击屏幕左侧模块栏的按钮添加如下图所示的模块。

  • New Calculator。
  • Analysis MolecularEnergySpectrum。
  • Analysis Eigenstate。

参考

atk/水分子lumo轨道可视化.1531750792.txt.gz · 最后更改: 2018/07/16 22:19 由 xie.congwei

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