这是本文档旧的修订版!
在本教程中,您将学习如何可视化分子轨道。以水分子为例,您将可视化其 LUMO 轨道。具体来说,您将:
1. 打开 QuantumATK,点击 Create New 创建新项目。填写项目 Title (此处为:“Water_LUMO”),选择存储数据的文件夹,然后依次点击 OK 和 Open 开启项目。
2. 在 QuantumATK 的主窗口,点击 按钮打开 Builder。
3. 在 Stash 区域,点击 Add New Configuration。一个氢原子将出现在 Stash 区和 Builder 的预览窗口。
4. 点击 Coordinate Tools Translate。勾选 Copy 选项,将 Z 值增加到 1 Å,点击 Apply 按钮 2 次用以再添加 2 个氢原子。
5. 转到预览窗口,按下 Ctrl
+ R
组合键使视图居中,选中位于中间位置的原子,利用工具栏的 Modify Element 工具将其替换为氧原子。
6. 在按住键盘上 Ctrl
键的同时单击鼠标左键选中所有原子,选择 Coordinate Z-matrix设置如下图所显示的距离和角度(H-O 距离为 0.972278 Å,H-O-H 角度为 102.75°)
您现在已经完全地从零开始创建了水分子!
1. 在 Builder,点击最右下角的 ,选择 Script Generator。
2.在 Scripter,双击屏幕左侧模块栏的按钮添加如下图所示的模块。
New Calculator。 Analysis MolecularEnergySpectrum。 Analysis Eigenstate。