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adf:simplestexample

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adf:simplestexample [2019/12/10 14:00] liu.junadf:simplestexample [2019/12/18 20:05] (当前版本) – [第一步:创建模拟的模型] liu.jun
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 **补充说明:** **补充说明:**
  
-如果输入的分子式,软件自带的库里面没有,那么就需要自己创建*.xyz文件,创建分子参考[[https://www.jianguoyun.com/p/DYMQkdsQmZ2ZBhiz-60C|建模:ADF模块分子的基本建模功能演示(视频)]];创建完毕之后,在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates,如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置,便于后面导入分子的时候,找到这个分子的xyz文件。+如果输入的分子式,软件自带的库里面没有,那么就需要自己创建*.xyz文件,创建分子建模的操作,参考[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]];创建完毕之后,在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates,如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置,便于后面导入分子的时候,找到这个分子的xyz文件。
  
 导入*.xyz文件的方式:点击如下窗口所示的按钮之后,选中前面保存的*.xyz文件即可。 导入*.xyz文件的方式:点击如下窗口所示的按钮之后,选中前面保存的*.xyz文件即可。
行 56: 行 56:
 对于ReaxFF而言,结果文件中最重要的是*.rxkf,**一般而言,这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf:showresults|]]。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示: 对于ReaxFF而言,结果文件中最重要的是*.rxkf,**一般而言,这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf:showresults|]]。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示:
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf09.png|}}+{{ :adf:hf09.png?400 }}
  
 弹出分子列表的窗口,选中关心的分子:H<sub>2</sub>、F<sub>2</sub>、HF(注意ReaxFF模拟会产生很多中间体,这些中间体有的可能是我们关心的,有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话,程序会将其判断为一个分子——H<sub>4</sub>。简单的说,程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的) 弹出分子列表的窗口,选中关心的分子:H<sub>2</sub>、F<sub>2</sub>、HF(注意ReaxFF模拟会产生很多中间体,这些中间体有的可能是我们关心的,有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话,程序会将其判断为一个分子——H<sub>4</sub>。简单的说,程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的)
行 62: 行 62:
 选中之后,右边会出现选中的分子的个数变化曲线。 选中之后,右边会出现选中的分子的个数变化曲线。
  
-{{:adf:hf10.png|}}+{{ :adf:hf10.png?700 }}
  
 **注意:** **注意:**
adf/simplestexample.1575957642.txt.gz · 最后更改: 2019/12/10 14:00 由 liu.jun

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