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adf:simplestexample

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adf:simplestexample [2017/05/07 11:06] – [第五步：从图谱导出数据] liu.junadf:simplestexample [2019/12/18 20:05] (当前版本) – [第一步：创建模拟的模型] liu.jun
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-======如何进行最简单的模拟（基本参数范例详解）：398K下H2与F2摩尔比1:1的反应======+======案例：398K下H2与F2摩尔比1:1的反应（ReaxFF基本参数范例详解）======
  
 打开ADFinput，切换到ReaxFF模块： 打开ADFinput，切换到ReaxFF模块：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf01.png|}}+{{ :adf:hf01.png?650 }}
  
 =====第一步：创建模拟的模型===== =====第一步：创建模拟的模型=====
  
-  - 菜单栏点击Edit > Builder，设置Cell的尺寸（如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子，当然尺寸可以根据自己的需要随意修改，但修改的时候要注意这影响着浓度，更详细的说明，可以参考[[adf:盒子的尺寸设置多大|]]） +  - 菜单栏点击Edit > Builder，设置Cell的尺寸（如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子，当然尺寸可以根据自己的需要随意修改，但修改的时候要注意这影响着浓度、密度，更详细的说明，可以参考[[adf:盒子的尺寸设置多大|]]）
- +
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf02.png|}}+
  
   - 在盒子中，放入分子：点击图中所示的加号两次，这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子，多点几次加号就可以了。   - 在盒子中，放入分子：点击图中所示的加号两次，这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子，多点几次加号就可以了。
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf03.png|}}+{{ :adf:hf03.png?650 }}
  
   - 如下图所示，在两个框中直接输入H<sub>2</sub>和F<sub>2</sub>，软件会自动搜到库中这两种分子结构，分别选择即可（注意，默认是100个分子，这个数字可以根据我们自己的需要任意修改）：   - 如下图所示，在两个框中直接输入H<sub>2</sub>和F<sub>2</sub>，软件会自动搜到库中这两种分子结构，分别选择即可（注意，默认是100个分子，这个数字可以根据我们自己的需要任意修改）：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf04.png|}}+{{ :adf:hf04.png?650 }}
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf05.png|}}+{{ :adf:hf05.png?650 }}
  
 点击“Generate Molecules”，这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口，如下图所示： 点击“Generate Molecules”，这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口，如下图所示：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf06.png|}}+{{ :adf:hf06.png?650 }}
  
 **补充说明：** **补充说明：**
  
-如果输入的分子式，软件自带的库里面没有，那么就需要自己创建*.xyz文件，创建分子参考[[https://www.jianguoyun.com/p/Dfq5zjUQmZ2ZBhjprSc|建模：ADF模块分子的基本建模功能演示（视频）]]；创建完毕之后，在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates，如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置，便于后面导入分子的时候，找到这个分子的xyz文件。+如果输入的分子式，软件自带的库里面没有，那么就需要自己创建*.xyz文件，创建分子建模的操作，参考：[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]]；创建完毕之后，在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates，如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置，便于后面导入分子的时候，找到这个分子的xyz文件。
  
 导入*.xyz文件的方式：点击如下窗口所示的按钮之后，选中前面保存的*.xyz文件即可。 导入*.xyz文件的方式：点击如下窗口所示的按钮之后，选中前面保存的*.xyz文件即可。
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf07.png|}}+{{ :adf:hf07.png?650 }}
  
 =====第二步：设置分子动力学模拟的条件===== =====第二步：设置分子动力学模拟的条件=====
  
-下图中红色圆圈所示的地方是最重要的，需要设置的地方：+{{ :adf:hf08.png?650 }}
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf08.png|}} +  * Task：任务类型，分子动力学模拟的话，选择Molecular Dynamics，结构优化的话选择Energy Minimization（或Geometry Optimization，不同版本名称不太一样），另外的选项不常用
- +
-  * Task：任务类型，分子动力学模拟的话，选择Molecular Dynamics，结构优化的话选择Energy Minimization，另外的选项不常用+
   * Force Field：参考[[adf:如何选择力场|]]   * Force Field：参考[[adf:如何选择力场|]]
   * Number of iterations：迭代步数。这个数字乘以Time Step就等于需要模拟“多长时间的化学反应”（注意，不是指软件运行的时间）。比如希望模拟100ps，就需要400万步，这个地方就要输入4000000   * Number of iterations：迭代步数。这个数字乘以Time Step就等于需要模拟“多长时间的化学反应”（注意，不是指软件运行的时间）。比如希望模拟100ps，就需要400万步，这个地方就要输入4000000
   * Start with：这个选项的初衷，是由于分子动力学模拟，如果初始结构不是很稳定的话，就容易出现爆沸，也就会得到不合理的结果。但这个选项目前效果并不好，所以一般也不需要用   * Start with：这个选项的初衷，是由于分子动力学模拟，如果初始结构不是很稳定的话，就容易出现爆沸，也就会得到不合理的结果。但这个选项目前效果并不好，所以一般也不需要用
-  * Time Step：分子动力学的步长。这个数字一般不需要改。其物理含义是指：分子动力学并不能连续的描述原子的运动行为，它是在一个时间点计算这个原子的位置、速度、力、加速度，然后维持这个特点，让原子运动一个time step的时间长度，然后重新计算每个原子的位置、速度、力、加速度——这就是time step的含义和用途。+  * Time Step：分子动力学的步长。这个数字一般不需要改。其物理含义是指：分子动力学并不能连续的描述原子的运动行为，它是在一个时间点计算这个原子的位置、速度、力、加速度，然后维持这个特点，让原子运动一个time step的时间长度，然后重新计算每个原子的位置、速度、力、加速度——这就是time step的含义和用途。这个值，0.25fs是很合理的，太大例如1fs，会导致失真，太小会白白增大计算耗时，而对MD精度基本没有什么提高。
   * Method：选择热力学系综。参考[[adf:selectmethodofreaxff|]]   * Method：选择热力学系综。参考[[adf:selectmethodofreaxff|]]
   * Temperature：设置温度。这个地方如果没有经验的话，务必参阅[[adf:怎么理解reaxff模拟的反应温度高于实际反应温度|]]   * Temperature：设置温度。这个地方如果没有经验的话，务必参阅[[adf:怎么理解reaxff模拟的反应温度高于实际反应温度|]]
-  * Damping constant：这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统，或者没有帮助+  * Damping constant：这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统，或者没有帮助。但其初衷是为了增大系统的随机性。
   * Pressure：如果选择了NVT（Velocity Verlet +Berendsen属于NVT）系综，这个参数就不起作用；如果选择NPT系综，Temperature和Pressure都需要设置。但如果体系尺寸不大的话，压强的震荡就非常的剧烈——注意：这是符合物理事实的。   * Pressure：如果选择了NVT（Velocity Verlet +Berendsen属于NVT）系综，这个参数就不起作用；如果选择NPT系综，Temperature和Pressure都需要设置。但如果体系尺寸不大的话，压强的震荡就非常的剧烈——注意：这是符合物理事实的。
-  * Damping constant：这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统，或者没有帮助+  * Stress：计算力学性质时需要用到，其他情况不需要设置。
   * 如果不关心动力学过程，而只关心产物的情况，那么强烈建议设置Details>Molecular Dynamics>KF Result file:50改为5000甚至更大，这表示每5000步保存一次结构，这样生成的动画帧数就会大大减少，便于movie显示，也便于作产物数量变化图。   * 如果不关心动力学过程，而只关心产物的情况，那么强烈建议设置Details>Molecular Dynamics>KF Result file:50改为5000甚至更大，这表示每5000步保存一次结构，这样生成的动画帧数就会大大减少，便于movie显示，也便于作产物数量变化图。
 +
  
 =====第三步：提交任务===== =====第三步：提交任务=====
行 59: 行 56:
 对于ReaxFF而言，结果文件中最重要的是*.rxkf，**一般而言，这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf:showresults|]]。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示： 对于ReaxFF而言，结果文件中最重要的是*.rxkf，**一般而言，这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf:showresults|]]。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf09.png|}}+{{ :adf:hf09.png?400 }}
  
 弹出分子列表的窗口，选中关心的分子：H<sub>2</sub>、F<sub>2</sub>、HF（注意ReaxFF模拟会产生很多中间体，这些中间体有的可能是我们关心的，有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话，程序会将其判断为一个分子——H<sub>4</sub>。简单的说，程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的） 弹出分子列表的窗口，选中关心的分子：H<sub>2</sub>、F<sub>2</sub>、HF（注意ReaxFF模拟会产生很多中间体，这些中间体有的可能是我们关心的，有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话，程序会将其判断为一个分子——H<sub>4</sub>。简单的说，程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的）
行 65: 行 62:
 选中之后，右边会出现选中的分子的个数变化曲线。 选中之后，右边会出现选中的分子的个数变化曲线。
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf10.png|}}+{{ :adf:hf10.png?700 }}
  
 **注意：** **注意：**
行 71: 行 68:
   * “show”那一列默认是全选，也就是左边窗口中所有的原子都显示出来。如果只勾选部分的话，就只显示这些选中的分子   * “show”那一列默认是全选，也就是左边窗口中所有的原子都显示出来。如果只勾选部分的话，就只显示这些选中的分子
   * 在Movie中查看图谱的时候，最好将Movie的播放暂停，否则可能有点卡   * 在Movie中查看图谱的时候，最好将Movie的播放暂停，否则可能有点卡
-  * 其他性质，用户可以在Movie窗口自己点开看看。如果不清楚，可以来信至support@fermitech.com.cn咨询。+  * 其他性质，用户可以在Movie窗口自己点开看看。如果不清楚，可以来信至ams@fermitech.com.cn咨询。
  
 =====第五步：从图谱导出数据===== =====第五步：从图谱导出数据=====
  
 参考：[[adf:outputdata]] 参考：[[adf:outputdata]]
 +
 其他： 其他：
   * [[adf:red]]   * [[adf:red]]
   * [[adf:temperaturecontrol]]   * [[adf:temperaturecontrol]]
adf/simplestexample.1494126407.txt.gz · 最后更改: 2017/05/07 11:06 由 liu.jun

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