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-======如何检测动力学模拟过程中的基元反应======
+======如何检测动力学模拟过程中的基元反应、速率常数======
-第一步，进行正常的动力学模拟过程，参考费米科技WIKI>[[adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:1反应|]]
+第一步，进行正常的动力学模拟过程，参考费米维基：[[adf:simplestexample|]]
-第二步，反应事件检测：
+第二步，反应事件检测（该功能只适用于小分子，太大的分子、块体、聚合物，在生成平面分子结构图方面有困难，所以不支持，但仍然可以检测出反应速率等信息，具体参考[[adf:reactioneventforbigmolecule]]）：
-SCM > Movie打开动力学模拟的动画，如果不知道如何操作，参考费米科技WIKI>[[adf:结果文件查看|]]
+SCM LOGO > Movie打开动力学模拟的动画，如果不知道如何操作，参考费米维基：[[adf:showresults|]]
-{{:adf:red01.png|}}
+{{ :adf:red01.png?550 |}}
 Properties > Reaction Event Detection:
-{{:adf:red02.png|}}
+{{ :adf:red02.png?550 |}}
-第一个红色方框中的数字，输入要分析的时间段（从time step的第50000步～89900步之间这段时间内）发生的化学反应的情况；
+<color blue>第一、二方框中的数字，输入要分析的时间段（从time step的第50000步开始，分析随后的89900步这段时间内，也就是5万~13.99万步之间）发生的化学反应的情况</color>；Recorssing filter输入保存轨迹频率的10倍，例如默认每50步保存一次轨迹，则设置为500。
-然后点击第二个红色方框，等到右下角显示ready之后，即表示分析完毕，可以显示出来了；
+然后点击Process方框，等到右下角显示ready之后，即表示分析完毕，可以显示出来了；
-点击第三个红色方框Browse，显示这些反应，之后会中网页上显示反应的情况：
+点击第三个红色方框Browse（<color blue>**注意：下次要查看结果，不必再分析可以直接点Browse查看结果**</color>），显示这些反应，之后会中网页上显示反应的情况：
-{{:adf:red03.png|}}
+{{ :adf:red03.png?1050 |}}
-Max Count显示这个时间段内该分子的最大个数，以及最大的时刻；First Seen表示这个分子初次出现的时刻。
+<color blue>**（这实际上是用浏览器（推荐Chrome，IE、edge等浏览器）打开了*.results/scmtrayzer/overview.svg文件）**</color>
-目前（2016.102版），该功能还在进一步完善中。
+Max Count显示这个时间段内该分子的最大个数，以及最大的时刻；First Seen表示这个分子初次出现的时刻。并在箭头上方显示了该反应的反应速率常数。
+点击任何一种分子，会显示该分子相关的反应网络。
+目前，该功能还在进一步完善中。
+[[https://www.scm.com/doc/Tutorials/ReaxFF/Burning_methane.html|更完整的功能范例，参考英文向导（点击）]]
+**Reaction Network的含义：**第一行的分子是基元反应的反应物，第一列分子是基元反应的产物，如果某行某列对应的基元反应存在，则该位置为✖️

adf/red.1462357935.txt.gz · 最后更改: 2016/05/04 18:32 由 liu.jun

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