adf:reaxffabsorption

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--- adf:reaxffabsorption [2017/10/28 20:29] – [198K、NVT系综弛豫10ps] liu.jun
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 {{ :adf:reaxffabsorption05.png?700 }}
-[[https://www.jianguoyun.com/p/DX_oVmEQmZ2ZBhiz9Ss|得到分子结构（点击下载）]]
+[[adf:TiO2structures|得到分子结构]]（可以直接将如下内容粘贴到Input窗口）
 =====ReaxFF模拟单个染料分子在TiO2表面的吸附=====
 ==== 能量最小化====
-如文献中所说，先将一个染料分子放在<chem>TIO2</chem>表面，羧基的两个O原子与Ti原子距离为1.9埃。之后进行结构优化（[[https://www.jianguoyun.com/p/DRezcZ4QmZ2ZBhjW9Ss|*.adf文件下载]]）。在该初始结构中，两个Ti原子和羧基上的两个O原子的距离分别为2.08埃、2.19埃。文献中说是1.9埃。实际上因为Ti和O属于化学吸附，因此初始键长只要和1.9埃差别不太大，经过能量最小化之后，都可以得到该结果。实际上，使用该*.adf文件能量最小化后，键长确实为1.9埃，与文献一致。
+如文献中所说，先将一个染料分子放在<chem>TIO2</chem>表面，羧基的两个O原子与Ti原子距离为1.9埃。之后进行结构优化（[[adf:TiO2-molecule|初始结构]]）。在该初始结构中，两个Ti原子和羧基上的两个O原子的距离分别为2.08埃、2.19埃。文献中说是1.9埃。实际上因为Ti和O属于化学吸附，因此初始键长只要和1.9埃差别不太大，经过能量最小化之后，都可以得到该结果。实际上，使用该*.adf文件能量最小化后，键长确实为1.9埃，与文献一致。
 ====198K、NVT系综弛豫10ps====
 上一步优化结束后，图形窗口会提示Read new coordinates from .../*.rxkf？点YES读取优化好的结构。鉴于文献中的模拟过程是：
-  - 198K、NVT系综弛豫10ps，得到平衡结构（[[https://www.jianguoyun.com/p/DczUp_EQmZ2ZBhjU_Cs|文件下载]]）；
+  - 198K、NVT系综弛豫10ps，得到平衡结构（[[adf:TiO2-Moleculerelax|坐标文件可以直接复制粘贴到Input]]）；
   - 在上一步的结构上，接着进行50ps、NVT系综的分子动力学模拟：
     * 经过5ps的时间内升温到298K（鉴于此，猜测文中出现笔误，第一步的198K被笔误为298K。而一般采用低温弛豫，因此本文直接采用了198K）；

adf/reaxffabsorption.1509193754.txt.gz · 最后更改: 2017/10/28 20:29 由 liu.jun

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