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adf:reaxffabsorption

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adf:reaxffabsorption [2017/05/12 02:02] – [198K、NVT系综弛豫10ps] liu.junadf:reaxffabsorption [2019/12/18 22:35] (当前版本) – [198K、NVT系综弛豫10ps] liu.jun
行 14: 行 14:
 ADFinput > File > Import Coordinates，选择该gif文件即成功导入锐钛矿晶体结构。按照文献的步骤，创建4*4*4的超胞（ADFinput > Edit > Crystal > Generate Supercel，出现的超胞设置对话框，对角线的三个数字全部设置为4）。按CTRL A选中所有原子，可以看到ADFinput左边窗口右下角显示有768原子；选中一个Ti原子，然后Select > Select Atoms Of Same Type即选中所有Ti原子，右下角显示有256个Ti原子；类似可以看到有512O个O原子。与文献一致。 ADFinput > File > Import Coordinates，选择该gif文件即成功导入锐钛矿晶体结构。按照文献的步骤，创建4*4*4的超胞（ADFinput > Edit > Crystal > Generate Supercel，出现的超胞设置对话框，对角线的三个数字全部设置为4）。按CTRL A选中所有原子，可以看到ADFinput左边窗口右下角显示有768原子；选中一个Ti原子，然后Select > Select Atoms Of Same Type即选中所有Ti原子，右下角显示有256个Ti原子；类似可以看到有512O个O原子。与文献一致。
  
-按照文献切割出101面（Edit > Crystal > Generate Slab:选择1 0 1面，层数选择1），得到结构： +选中一个Ti原子（该结构有两种Ti原子的位置，选中其中一种切出来之后，表面最近邻Ti原子之间的O原子凸出于表面；选中另一种Ti原子，切出来之后，O原子凹进去。本文中用的是第二种）按照文献切割出101面（Edit > Crystal > Generate Slab:选择1 0 1面，层数选择1）。
- +
-{{ :adf:reaxffabsorption01.png?700 }}+
  
 考虑平移对称性，实际上就得到了与文献Fig. 1 c所示的一模一样的晶格。 考虑平移对称性，实际上就得到了与文献Fig. 1 c所示的一模一样的晶格。
行 23: 行 21:
   * 切换到ReaxFF模块，则自动产生一个盒子。   * 切换到ReaxFF模块，则自动产生一个盒子。
   * 绕着Z轴转动三次（Edit > Rotate 90 > Around Z-Axes），就得到和Fig. 1 c完全一样的xyz坐标轴方向。   * 绕着Z轴转动三次（Edit > Rotate 90 > Around Z-Axes），就得到和Fig. 1 c完全一样的xyz坐标轴方向。
 +
 +{{ :adf:reaxffabsorption01.png?700 }}
 +
   * 修改Cell的z方向尺寸到文献中所要求的270 Å（ADFinput > Model > Lattice，修改对角线上第三个数字为270）:   * 修改Cell的z方向尺寸到文献中所要求的270 Å（ADFinput > Model > Lattice，修改对角线上第三个数字为270）:
  
行 38: 行 39:
 {{ :adf:reaxffabsorption05.png?700 }} {{ :adf:reaxffabsorption05.png?700 }}
  
-[[https://www.jianguoyun.com/p/DX_oVmEQmZ2ZBhiz9Ss|得到分子结构（点击下载）]]+[[adf:TiO2structures|得到分子结构]]（可以直接将如下内容粘贴到Input窗口） 
 =====ReaxFF模拟单个染料分子在TiO2表面的吸附===== =====ReaxFF模拟单个染料分子在TiO2表面的吸附=====
 ==== 能量最小化==== ==== 能量最小化====
-如文献中所说，先将一个染料分子放在<chem>TIO2</chem>表面，羧基的两个O原子与Ti原子距离为1.9埃。之后进行结构优化（[[https://www.jianguoyun.com/p/DRezcZ4QmZ2ZBhjW9Ss|*.adf文件下载]]）。在该初始结构中，两个Ti原子和羧基上的两个O原子的距离分别为2.08埃、2.19埃。文献中说是1.9埃。实际上因为Ti和O属于化学吸附，因此初始键长只要和1.9埃差别不太大，经过能量最小化之后，都可以得到该结果。实际上，使用该*.adf文件能量最小化后，键长确实为1.9埃，与文献一致。+如文献中所说，先将一个染料分子放在<chem>TIO2</chem>表面，羧基的两个O原子与Ti原子距离为1.9埃。之后进行结构优化（[[adf:TiO2-molecule|初始结构]]）。在该初始结构中，两个Ti原子和羧基上的两个O原子的距离分别为2.08埃、2.19埃。文献中说是1.9埃。实际上因为Ti和O属于化学吸附，因此初始键长只要和1.9埃差别不太大，经过能量最小化之后，都可以得到该结果。实际上，使用该*.adf文件能量最小化后，键长确实为1.9埃，与文献一致。
  
 ====198K、NVT系综弛豫10ps==== ====198K、NVT系综弛豫10ps====
 上一步优化结束后，图形窗口会提示Read new coordinates from .../*.rxkf？点YES读取优化好的结构。鉴于文献中的模拟过程是： 上一步优化结束后，图形窗口会提示Read new coordinates from .../*.rxkf？点YES读取优化好的结构。鉴于文献中的模拟过程是：
  
-  - 198K、NVT系综弛豫10ps，得到平衡结构；+  - 198K、NVT系综弛豫10ps，得到平衡结构（[[adf:TiO2-Moleculerelax|坐标文件可以直接复制粘贴到Input]]）；
   - 在上一步的结构上，接着进行50ps、NVT系综的分子动力学模拟：   - 在上一步的结构上，接着进行50ps、NVT系综的分子动力学模拟：
     * 经过5ps的时间内升温到298K（鉴于此，猜测文中出现笔误，第一步的198K被笔误为298K。而一般采用低温弛豫，因此本文直接采用了198K）；     * 经过5ps的时间内升温到298K（鉴于此，猜测文中出现笔误，第一步的198K被笔误为298K。而一般采用低温弛豫，因此本文直接采用了198K）；
     * 保温2ps；     * 保温2ps；
-弛豫、控温，参考：+弛豫、控温的中文教程，参考：
   * [[adf:弛豫与优化]]   * [[adf:弛豫与优化]]
   * [[adf:temperaturecontrol]]   * [[adf:temperaturecontrol]]
- +  * [[adf:selectforcefield]]
adf/reaxffabsorption.1494525774.txt.gz · 最后更改: 2017/05/12 02:02 由 liu.jun

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