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adf:optimizeff

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adf:optimizeff [2019/12/10 15:45] – [5. mcff.run文件] liu.junadf:optimizeff [2022/09/14 11:14] (当前版本) – liu.jun
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 ======使用分子体系DFT计算数据优化ReaxFF力场====== ======使用分子体系DFT计算数据优化ReaxFF力场======
 +本教程仅适用于AMS2019.1及其以下版本。
  
 ADF软件集成了使用蒙特卡洛方法优化力场参数的脚本。目前已经可以较为方便的使用，脚本经过测试，可以正常工作，但大都是在命令行下工作。用“优化”的方式，也可以创建一些新的力场：一般在相似力场的基础上，对力场中的元素进行修改，使用DFT计算这些新元素体系的一些结构的能量，然后使用MCFF对力场参数进行优化。 ADF软件集成了使用蒙特卡洛方法优化力场参数的脚本。目前已经可以较为方便的使用，脚本经过测试，可以正常工作，但大都是在命令行下工作。用“优化”的方式，也可以创建一些新的力场：一般在相似力场的基础上，对力场中的元素进行修改，使用DFT计算这些新元素体系的一些结构的能量，然后使用MCFF对力场参数进行优化。
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     * mcmxst是允许运行的最大步数，这个参数需要改大，否则默认值为0，只运行一步。     * mcmxst是允许运行的最大步数，这个参数需要改大，否则默认值为0，只运行一步。
  
-[[https://www.jianguoyun.com/p/DZ3SvS4QmZ2ZBhis2S0|详细英文教程下载（点击）]]+  * {{ :adf:mcff.pdf |详细英文教程下载（点击） }} 
 +  * {{ :adf:mcff.zip |本文用到的Python脚本以及过程中生成的文件下载 }}
  
 本文以<chem>CH3</chem>-Br为例，以DFT计算一系列<chem>CH3</chem>-Br的结构，用来优化含有Br、C、H的力场。本文中，扫描了Br从近远离甲基的势能面，因此优化得到的力场，应该能够较好地描述Br进攻甲基的反应过程。 本文以<chem>CH3</chem>-Br为例，以DFT计算一系列<chem>CH3</chem>-Br的结构，用来优化含有Br、C、H的力场。本文中，扫描了Br从近远离甲基的势能面，因此优化得到的力场，应该能够较好地描述Br进攻甲基的反应过程。
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 {{ :adf:mcff03.png?600 }} {{ :adf:mcff03.png?600 }}
  
-更详细的势能面扫描教程，参考：[[adf:peswithlineartransit]]+更详细的势能面扫描教程，参考：[[adf:peswithlineartransit2019]]
 =====2. 从*.t21抽取geo、trainset.in文件===== =====2. 从*.t21抽取geo、trainset.in文件=====
 下面的命令行操作，要求ADF的环境变量生效。用到的命令，都是ADF的内置命令，例如startpython就在adf201*.*/bin目录内。所以Linux、Mac较为便利。Windows需要用户自行测试。 下面的命令行操作，要求ADF的环境变量生效。用到的命令，都是ADF的内置命令，例如startpython就在adf201*.*/bin目录内。所以Linux、Mac较为便利。Windows需要用户自行测试。
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 </code> </code>
  
-注意，其中startpython是ADF内部命令，只要环境变量生效即可运行。[[https://www.jianguoyun.com/p/DcxU7OUQmZ2ZBhjP2C0|点击此处]]可以下载LT_to_trainset.py。LT.t21是前一步Linear Transit计算得到的输出文件。<color blue>这个命令生成geos_LT文件，这个文件就是geo文件，直接改名为geo即可。</color>[[https://www.jianguoyun.com/p/DSz0GM8QmZ2ZBhjU2C0|点击下载本例生成的geo文件]]（如果下载之后有了后缀，用户可以去掉后缀，将文件名重新修改为geo）。+注意，其中startpython是ADF内部命令，只要环境变量生效即可运行。LT_to_trainset.py文件见前面下载链接。LT.t21是前一步Linear Transit计算得到的输出文件。<color blue>这个命令生成geos_LT文件，这个文件就是geo文件，直接改名为geo即可。</color>生成的geo文件见前面的下载链接
  
 <color grey>Windows中的运行方法：</color> <color grey>Windows中的运行方法：</color>
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 adfreport geo -rxtrainset > trainset.in adfreport geo -rxtrainset > trainset.in
 </code> </code>
-adfreport是ADF内部命令，只要环境变量生效即可运行。<color blue>该命令将生成trainset.in文件。</color>[[https://www.jianguoyun.com/p/DUE1MU0QmZ2ZBhjQ2C0|点击下载本例生成的trainset.in文件]]+adfreport是ADF内部命令，只要环境变量生效即可运行。<color blue>该命令将生成trainset.in文件。</color>本例生成的trainset.in文件见前面的下载链接。
  
 <color blue>如果用户希望增加一些其他的结构点、其他体系的DFT计算结果，可以在得到这些计算的*t21文件之后，将其包含的信息放入geo、trainset.in中：</color> <color blue>如果用户希望增加一些其他的结构点、其他体系的DFT计算结果，可以在得到这些计算的*t21文件之后，将其包含的信息放入geo、trainset.in中：</color>
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 Trainset.in文件有四列，其中第二列是“权重”，关于“权重”，参考《使用块体材料DFT计算数据优化ReaxFF力场》：[[adf:optimizeff_crystal#3.生成trainset.in文件]] Trainset.in文件有四列，其中第二列是“权重”，关于“权重”，参考《使用块体材料DFT计算数据优化ReaxFF力场》：[[adf:optimizeff_crystal#3.生成trainset.in文件]]
  
-Trainset.in文件格式，参考：[[https://www.scm.com/doc/ReaxFF/trainset_descrp.html?highlight=trainset]]+Trainset.in文件格式，参考：[[https://www.scm.com/doc/ReaxFF/trainset_descrp.html]]
 =====3. 准备ffield文件===== =====3. 准备ffield文件=====
  
-相似的力场本例中用了CHOSFClN.ff，直接将其拷贝到当前目录（和前面生成的geo、trainset.in文件在同一个目录中），并修改名字为ffield。将Cl元素修改为Br元素。并修改一些其他的参数，比如原子价、有效质量、范德华半径、价电子个数等（具体参数的含义，[[https://www.scm.com/doc/ReaxFF/_downloads/ReaxFF-users-manual-2002.pdf|可以参考手册]]）。具体如下（彩色的项目可能需要被改动）：+相似的力场本例中用了CHOSFClN.ff，直接将其拷贝到当前目录（和前面生成的geo、trainset.in文件在同一个目录中），并修改名字为ffield。将Cl元素修改为Br元素。并修改一些其他的参数，比如原子价、有效质量、范德华半径、价电子个数等（具体参数的含义{{ :adf:reaxff-users-manual-2002.pdf |可以参考手册}}）。具体如下（彩色的项目可能需要被改动）：
  
 {{ :adf:mcff04.png?700 }} {{ :adf:mcff04.png?700 }}
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 生成的summery.txt列出了蒙特卡洛的过程，比较重要的数据是能量误差（Current error这一列数据），当然误差越小越好。生成的ffield_best是优化得到的力场，修改成自己希望的名字，例如CHOSFBrN.ff即可。同时也给出了最后一个被“接受（蒙特卡洛认为较优的力场）”蒙特卡洛生成的力场，名为ffield_last_accepted.1，供参考。 生成的summery.txt列出了蒙特卡洛的过程，比较重要的数据是能量误差（Current error这一列数据），当然误差越小越好。生成的ffield_best是优化得到的力场，修改成自己希望的名字，例如CHOSFBrN.ff即可。同时也给出了最后一个被“接受（蒙特卡洛认为较优的力场）”蒙特卡洛生成的力场，名为ffield_last_accepted.1，供参考。
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-[[https://www.jianguoyun.com/p/DXZwbk0QmZ2ZBhiQ2S0|这几个生成的文件下载]] 
adf/optimizeff.1575963954.txt.gz · 最后更改: 2019/12/10 15:45 由 liu.jun

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