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adf:openshellfragmentanalysis [2019/08/17 18:58] – liu.jun | adf:openshellfragmentanalysis [2019/12/07 11:19] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
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- | ======如何进行开壳层片段的分析(适用于小于AMS2019.205的版本)====== | ||
- | 一般的、普通的闭壳层片段(构造成闭壳层分子)的片段分析,参考费米维基:[[adf: | ||
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- | 该方法缺点:使用Restricted方法计算,这本身带来了比较大的误差;另外,开壳层片段的时候,尤其是对于高自旋态(三重态及其以上),如果分别指定alpha、beta电子,往往很难收敛到正确的占据方式上;如果使用类似A 14 1 1的指定方式,电子却又是均匀分布在alpha、beta上的(这也会带来一定误差,但文献中一般也采用了后面这种方式),而通过Fragmentoccupations再指定一遍A 7 / / 9,程序内部实际上用之前A 7 0.5 0.5/ / 7 0.5 0.5的占据,做了1次迭代,然后直接将电子按照A 7 / / 9的方式占据,然后进行片段分析的整体计算——这是用的最多的一种方式。具体指定电子占据的方式,参考:[[adf: | ||
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- | 这个例子比较庆幸,Unrestricted方法计算OH,占据方式也是这样的。Unrestricted计算得到的半占据的那个轨道和Restricted的计算得到的是一致的,当然具体能级是不同的。 | ||
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- | ===== 参数设置===== | ||
- | 以丙烷分为三个区域为例: | ||
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- | 如果不清楚如何分区,可以参考费米维基:[[adf: | ||
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- | 丙烷为闭壳层、片段为开壳层;如果整个体系是开壳层,那么上图中可以勾选Unrestricted,并设置相应的Spin Polarization(但注意,这种情况下,片段仍然是使用Restricted计算的)。 | ||
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- | 可以点击上图红框内所示的三个圆点,打开三个片段的计算参数设置的ADFinput窗口,可以对每个片段的电荷、电子占据方式进行指定: | ||
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- | 在片段的ADFinput > Model > Spin and Occupations进行指定,例如ADFinput > Details > Userinput手写输入。具体参考费米维基:[[adf: | ||
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- | 然后保存任务,例如名为C3H8,保存的时候,会提示: | ||
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- | 这些提示是片段计算的ADFinput发出的,是在提示当前所带电荷数和自旋极化(未配对电子个数)互相矛盾。本功能中可以直接点击OK,忽略掉这个提示。 | ||
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- | 保存任务之后,在ADFjobs窗口出现4个任务: | ||
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- | 其中3个任务是三个片段的计算(任务名分别为C3H8.Region_1、C3H8.Region_2、C3H8.Region_3),1个是整个丙烷分子的计算(任务名为C3H8)。选中整个丙烷的计算任务(即名为C3H8的任务),点击菜单栏 Job > Run,软件将自动地完成如下计算: | ||
- | * 分别先计算三个片段(任意顺序均可) | ||
- | * 三个片段计算完成之后,自动计算整个丙烷分子 | ||
- | =====结果查看===== | ||
- | 在ADFJobs窗口选中C3H8任务,点击ADF LOGO > Output可以显示这次片段分析的能量分解情况,与闭壳层的能量分解是一样的,具体可以参考费米维基:[[adf: | ||
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- | =====可能需要修改片段中电子的占据方式===== | ||
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- | 分别选中各个片段任务,例如选中C3H8.Region_1,然后点击ADF LOGO > level可以看到片段Region_1的能级,参考每个能级的轨道,参考:[[adf: | ||
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- | 其中C3H8.Region_1也就是甲基,其占据方式如下(虽然图中显示,会让我们认为分子的HOMO一个电子占在alpha自旋上,但实际上是0.5在alpha上、0.5在beta上,参考[[adf: | ||
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- | 其中半占据的轨道: | ||
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- | 是比较符合我们的期望的(注意调整显示等值面的数值为0.15,看的更清楚,可以看到),该轨道实际上主要是C原子的2P轨道。类似可以查看CH2片段的电子排布。 | ||
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- | 这些片段轨道的占据方式,如果不符合我们的预期,那就需要人为指定占据方式,参考[[adf: |