adf:diffussionofthanol
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:diffussionofthanol [2019/01/29 22:50] – liu.jun | adf:diffussionofthanol [2021/10/26 15:04] (当前版本) – liu.jun | ||
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| 行 3: | 行 3: | ||
| =====前言===== | =====前言===== | ||
| 分子动力学计算扩散系数，结果与分子动力学该次模拟分子运动轨迹相关。扩散系数计算所依据的理论，参考：Journal of Chemical Information and Modeling 2011 51 (8), | 分子动力学计算扩散系数，结果与分子动力学该次模拟分子运动轨迹相关。扩散系数计算所依据的理论，参考：Journal of Chemical Information and Modeling 2011 51 (8), | ||
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| + | 版本：2019.1*及其之前的版本。 | ||
| =====参数设置===== | =====参数设置===== | ||
| 行 10: | 行 12: | ||
| 下面这个参数没有特别的作用，只是为了减少无用的临时文件输出。 | 下面这个参数没有特别的作用，只是为了减少无用的临时文件输出。 | ||
| - | {{ :adf:diffusion01.png?650 }} | + | {{ :adf:diffusion02.png?650 }} |
| 与一般的分子动力学模拟过程唯一不同的，是需要在模型创建完毕，参数设置完毕之后，在*.run文件中，手动加入一个参数。在*.run文件中找到参数iout3，在它的下面插入一行（1 itrout），这一段看起来是这样的： | 与一般的分子动力学模拟过程唯一不同的，是需要在模型创建完毕，参数设置完毕之后，在*.run文件中，手动加入一个参数。在*.run文件中找到参数iout3，在它的下面插入一行（1 itrout），这一段看起来是这样的： | ||
| 行 64: | 行 66: | ||
| Which molecule should be observed (C3H8O=1, H2O=2)? | Which molecule should be observed (C3H8O=1, H2O=2)? | ||
| - | Enter the resolution (=depth) for this MSD (in time steps): | + | Enter the resolution (=depth) for this MSD (in time steps): |
| 默认回车。 | 默认回车。 | ||
adf/diffussionofthanol.1548773432.txt.gz · 最后更改: 2019/01/29 22:50 由 liu.jun