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adf:collapse [2017/03/06 16:32] – [2,设置撞击参数] liu.junadf:collapse [2021/05/25 14:26] (当前版本) – [3,运行任务] liu.jun
行 1: 行 1:
 ======如何模拟撞击====== ======如何模拟撞击======
 +注意,本教程是针对版本低于2019的软件。对2019版以上,可以参考:[[adf:molgunofareaxms]]
  
-本例以两个铁片层的撞击。事实上,模拟团簇对表面的撞击,设置方式也是一摸一样的。[[https://www.jianguoyun.com/p/DcUjsHQQmZ2ZBhiQ-CQ|下载本例计算输入输出文件(点击)]] +======模型====== 
-======1,建模======+本例以两个铁片层的撞击。事实上,模拟团簇对表面的撞击,设置方式也是一摸一样的。
  
-在[[http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php|美国矿物学家晶体结构数据库]]可下载Fe晶体: +我们两层铁原子为例,点击View > Axes显示坐标系(选中原子edit - set origin设置原点,选中两个原子edit - align - With X-axes设置x轴方向),并设置一般的分子动力学参数
- +
-[[http://pan.baidu.com/s/1qXSa3rY|Fe体心立方晶体]] +
- +
-ADFinput > File > Import Coordinates: +
- +
-之后点击右下角的四个圆点图标将默认的3*3*3周期显示切换成只显示一个周期: +
- +
-{{ :adf:gcmc01.png?700 |}} +
- +
-创建5*5*5的超包: +
- +
-{{ :adf:gcmc02.png?700 |}} +
- +
-{{ :adf:Collapse01.png?150 |}} +
- +
-切换到ReaxFF模块: +
- +
-点击View > Axises显示坐标系:+
  
 {{ :adf:Collapse02.png?700 |}} {{ :adf:Collapse02.png?700 |}}
  
-之后删掉中间的原子层,保留两层(垂直于Z轴),并将Cell的C方向拉长到54.25埃: 
- 
-{{ :adf:Collapse03.png?700 |}} 
- 
-并设置模拟参数如下: 
- 
-{{ :adf:Collapse04.png?700 |}} 
- 
-详细的模拟参数,参考:[[adf:simplestexample|]] 
  
 =====2,设置撞击参数===== =====2,设置撞击参数=====
行 206: 行 180:
 </code> </code>
  
-这段内容,对数字的格式要求非常严格,也就是数字的位数,必须和上述一致。上述四组数字,分别描述ADFinput中50个原子的坐标、速度、加速度、温度。+这段内容,对数字的格式要求非常严格,也就是数字的位数,必须和上述一致。上述四组数字,分别描述ADFinput中50个原子的<color blue>初始</color>坐标、速度、加速度、温度。
  
 如果运行出现问题,最好参考本例*.run文件,在上面进行修改。 如果运行出现问题,最好参考本例*.run文件,在上面进行修改。
行 214: 行 188:
 在ADFjobs窗口,选中该任务,之后点击Job > Run提交任务。 在ADFjobs窗口,选中该任务,之后点击Job > Run提交任务。
  
-在SCM Logo > Movie,查看GCMC模拟的动画过程。动画观看(点击) +在SCM Logo > Movie,查看动画过程。上述设置的速度相反、加速度也相反,因此必然会撞击在一起:
- +
-上述设置的速度相反、加速度也相反,因此必然会撞击在一起:+
  
 第1帧: 第1帧:
行 230: 行 202:
 {{ :adf:Collapse07.png?400 |}} {{ :adf:Collapse07.png?400 |}}
  
-击:+在一起后,互相速度抵消,在该位置进行平衡的热振动,并发生不规则的形变。
  
 {{ :adf:Collapse08.png?400 |}} {{ :adf:Collapse08.png?400 |}}
- 
-撞在一起后,互相速度抵消,在该位置进行平衡的热振动,并发生不规则的形变。 
- 
-{{ :adf:Collapse09.png?400 |}} 
adf/collapse.1488789168.txt.gz · 最后更改: 2017/03/06 16:32 由 liu.jun

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