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adf:collapse [2017/01/15 21:33] – [如何模拟撞击] liu.junadf:collapse [2021/05/25 14:26] (当前版本) – [3，运行任务] liu.jun
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 ======如何模拟撞击====== ======如何模拟撞击======
 +注意，本教程是针对版本低于2019的软件。对2019版以上，可以参考：[[adf:molgunofareaxms]]
  
-本例以两个铁片层的撞击。事实上，模拟团簇对表面的撞击，设置方式也是一摸一样的。[[https://www.jianguoyun.com/p/DcUjsHQQmZ2ZBhiQ-CQ|下载本例计算输入输出文件（点击）]] +======模型====== 
-======1，建模======+本例以两个铁片层的撞击。事实上，模拟团簇对表面的撞击，设置方式也是一摸一样的。
  
-在[[http://rruff.geo.arizona.edu/AMS/amcsd.php|美国矿物学家晶体结构数据库]]可以下载Fe晶体: +我们以两层铁原子为例，点击View > Axes显示坐标系（选中原子edit - set origin设置原点，选中两个原子edit - align - With X-axes设置x轴方向），并设置一般的分子动力学参数：
- +
-[[http://pan.baidu.com/s/1qXSa3rY|Fe体心立方晶体]] +
- +
-ADFinput > File > Import Coordinates： +
- +
-之后点击右下角的四个圆点图标，将默认的3*3*3周期显示切换成只显示一个周期： +
- +
-{{ :adf:gcmc01.png?700 |}} +
- +
-创建5*5*5的超包： +
- +
-{{ :adf:gcmc02.png?700 |}} +
- +
-{{ :adf:Collapse01.png?150 |}} +
- +
-切换到ReaxFF模块： +
- +
-点击View > Axises显示坐标系：+
  
 {{ :adf:Collapse02.png?700 |}} {{ :adf:Collapse02.png?700 |}}
  
-之后删掉中间的原子层，保留两层（垂直于Z轴），并将Cell的C方向拉长到54.25埃： 
- 
-{{ :adf:Collapse03.png?700 |}} 
- 
-并设置模拟参数如下： 
- 
-{{ :adf:Collapse04.png?700 |}} 
- 
-详细的模拟参数，参考：[[adf:simplestexample|]] 
  
 =====2，设置撞击参数===== =====2，设置撞击参数=====
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 在任意一个eor字段后面，增加如下内容： 在任意一个eor字段后面，增加如下内容：
-  cat > vels <<eor +<code bash> 
-  Lattice parameters:+cat > vels <<eor 
 +Lattice parameters:
    14.25000000    14.25000000    54.25000000    14.25000000    14.25000000    54.25000000
    90.00000000    90.00000000    90.00000000    90.00000000    90.00000000    90.00000000
        50 Atom coordinates (Angstrom):        50 Atom coordinates (Angstrom):
-   1.4250000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  1.4250000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -4.2750000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -4.2750000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   1.4250000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  1.4250000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -1.4250000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -1.4250000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   4.2750000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  4.2750000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   7.1250000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  7.1250000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   7.1250000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  7.1250000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -1.4250000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -1.4250000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   1.4250000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  1.4250000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   4.2750000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  4.2750000000000000+00  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   7.1250000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  7.1250000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   4.2750000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  4.2750000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   4.2750000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  4.2750000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -1.4250000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -1.4250000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -4.2750000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -4.2750000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -1.4250000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -1.4250000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -4.2750000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -4.2750000000000000+00  -1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -4.2750000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -4.2750000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   1.4250000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe  +  1.4250000000000000+00   4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe  
-  -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe + -4.2750000000000000+00   7.1250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-   7.1250000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe +  7.1250000000000000+00   1.4250000000000000+00   7.1250000000000000+00    Fe 
-  -5.7000000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  + -5.7000000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-   0.0000000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  +  0.0000000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-   2.8500000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  2.8500000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-  -2.8500000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  + -2.8500000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-  -2.8500000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe + -2.8500000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  +  0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-   2.8500000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  2.8500000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-  -5.7000000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe + -5.7000000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-  -5.7000000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  + -5.7000000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-   5.7000000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  5.7000000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-  -2.8500000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe + -2.8500000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   0.0000000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  +  0.0000000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-   2.8500000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  2.8500000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-  -2.8500000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe + -2.8500000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   5.7000000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  5.7000000000000000+00  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-  -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe + -2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   0.0000000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  0.0000000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   5.7000000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  5.7000000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-  -5.7000000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe + -5.7000000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   0.0000000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe +  0.0000000000000000+00   2.8500000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe 
-   2.8500000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  +  2.8500000000000000+00   0.0000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  + -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-   5.7000000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  +  5.7000000000000000+00   5.7000000000000000+00  -5.7000000000000000+00    Fe  
-  Atom velocities (Angstrom/s):+Atom velocities (Angstrom/s):
   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00   0.999754312886992D+11   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00   0.999754312886992D+11
   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00   0.999754312886992D+11   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00   0.999754312886992D+11
行 147: 行 122:
   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00  -0.999754312886992D+11   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00  -0.999754312886992D+11
   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00  -0.999754312886992D+11   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00  -0.999754312886992D+11
-  Atom accelerations (Angstrom/s**2):+Atom accelerations (Angstrom/s**2):
   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00   0.313616213868668D+27   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00   0.313616213868668D+27
   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00   0.313616213868668D+27   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00   0.313616213868668D+27
行 198: 行 173:
   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00  -0.313616213868668D+27   0.000000000000000D+00   0.000000000000000D+00  -0.313616213868668D+27
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-  MD-temperature (K): +MD-temperature (K): 
-  0.298000000000000D+03 +  0.147071142605903D+02
-  eor+
  
-这段内容，对数字的格式要求非常严格，也就是数字的位数，必须和上述一致。上述四组数字，分别描述ADFinput中50个原子的坐标、速度、加速度、温度。+eor 
 + 
 +</code> 
 + 
 +这段内容，对数字的格式要求非常严格，也就是数字的位数，必须和上述一致。上述四组数字，分别描述ADFinput中50个原子的<color blue>初始</color>坐标、速度、加速度、温度。
  
 如果运行出现问题，最好参考本例*.run文件，在上面进行修改。 如果运行出现问题，最好参考本例*.run文件，在上面进行修改。
行 210: 行 188:
 在ADFjobs窗口，选中该任务，之后点击Job > Run提交任务。 在ADFjobs窗口，选中该任务，之后点击Job > Run提交任务。
  
-在SCM Logo > Movie，查看GCMC模拟的动画过程。动画观看（点击） +在SCM Logo > Movie，查看动画过程。上述设置的速度相反、加速度也相反，因此必然会撞击在一起：
- +
-上述设置的速度相反、加速度也相反，因此必然会撞击在一起：+
  
 第1帧： 第1帧：
行 226: 行 202:
 {{ :adf:Collapse07.png?400 |}} {{ :adf:Collapse07.png?400 |}}
  
-撞击：+撞在一起后，互相速度抵消，在该位置进行平衡的热振动，并发生不规则的形变。
  
 {{ :adf:Collapse08.png?400 |}} {{ :adf:Collapse08.png?400 |}}
- 
-撞在一起后，互相速度抵消，在该位置进行平衡的热振动，并发生不规则的形变。 
- 
-{{ :adf:Collapse09.png?400 |}} 
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