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adf:clusterfix

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adf:clusterfix [2022/10/12 17:25] liu.junadf:clusterfix [2023/09/11 13:44] (当前版本) liu.jun
行 13: 行 13:
  
 =====第二步,设置环境变量===== =====第二步,设置环境变量=====
-在解压生成的AMS2022.103目录内,有一个文件,名为amsbashrc.sh,里面包含了AMS所需的环境变量。里面仅有一行,用户需要酌情考虑是否更改:+在解压生成的AMS2022.103目录内,有一个文件,名为amsbashrc.sh,里面包含了AMS所需的环境变量。用户需要酌情考虑是否将临时文件夹从默认的/tmp更改为其他路径,例如作业当前目录,如果需要则在amsbashrc.sh最后添加一行(或在pbs脚本中source语句后,添加一行)
  
 <code bash> <code bash>
-SCM_TMPDIR=/tmp+export SCM_TMPDIR=$PWD
 </code> </code>
  
-  * SCM_TMPDIR所指向的这个目录(这里就是指/tmp)要注意经常清理,避免大量垃圾堆积;+  * SCM_TMPDIR所指向的这个目录要注意经常清理,避免大量垃圾堆积;
   * 该目录最好是在高速读写硬盘中,如果用户不清楚,可以使用默认值(/tmp一般就在高速硬盘中);   * 该目录最好是在高速读写硬盘中,如果用户不清楚,可以使用默认值(/tmp一般就在高速硬盘中);
-  * 这个目录对AMS用户需要有读写权限,当然/tmp对所有用户都有读写权限; +  * 这个目录对AMS用户需要有读写权限,当然一般/tmp对所有用户都有读写权限; 
-  * 如果设置export SCM_TMPDIR=$PWD,那么文件将产生到提交任务的目录+  * (购买软件无限核license的用户忽略此条)。购买软件核数较少的用户,可以酌情增加一行环境变量:<color blue>export SCM_WAIT_LICENSE=9999999999</color>。如果用户提交的作业,所需核数大于购买的核数,那么AMS程序就会等待前面任务完成,再自动运行后面等待的任务,但这个等待间默认只有600秒,之后就会杀死这个等待的任务。为了与PBS、LSF系统更好配合,可以将这个等待时间提高到很大,这样只要PBS、LSF没有杀死它,它就一直等待,从而更方便
  
-====环境变量何生效?==== +**果是ReaxFF用户**还建议增加一行: 
-因此PBS/LSF提交作业的时候在脚本中增加一句source /home/UserID/ams2022.103/amsbashrc.sh,注意UserID需要替换成自己的用户名。具体参考[[adf:pbsorlsf]] +<code> 
- +export OMP_NUM_THREADS=1 
-如果是SLURM系统,用户可以把这一句写到~/.bashrc文件中,之后source ~/.bashrc即可。+</code>
 =====第三步,获取机器码,用于申请license===== =====第三步,获取机器码,用于申请license=====
  
 用户应确认AMS的license锁定在哪些节点上,在这些节点上,分别运行命令: 用户应确认AMS的license锁定在哪些节点上,在这些节点上,分别运行命令:
 <code bash> <code bash>
-source /public/software/ams2022.103/amsbashrc.sh 回车+source /home/UserID/ams2022.103/amsbashrc.sh 回车
 dirac info 回车 dirac info 回车
 </code> </code>
-即输出AMS所需的**机器码**,将这些信息复制到文本文件中,汇集起来发给SCM或者费米科技,并加以说明。+即输出AMS所需的**机器码**,将这些信息复制到文本文件中,汇集起来发给ams@fermitech.com.cn,并加以说明。
  
 =====第四步,提交机器码===== =====第四步,提交机器码=====
行 43: 行 43:
  
 用户收到license.txt文件之后,将该文件放置在AMS安装文件夹(如ams2022.103)中,之后即可正常使用。安装过程中有任何问题,可以发邮件到ams@fermitech.com.cn,说明尽量全面的报错的信息,我们将提供有效的协助。 用户收到license.txt文件之后,将该文件放置在AMS安装文件夹(如ams2022.103)中,之后即可正常使用。安装过程中有任何问题,可以发邮件到ams@fermitech.com.cn,说明尽量全面的报错的信息,我们将提供有效的协助。
 +=====第六步:如何提交作业=====
 +PBS/LSF提交作业的时候,source /home/UserID/ams2022.103/amsbashrc.sh将会添加到PBS/LSF脚本中。如果是SLURM系统,用户可以把source /home/UserID/ams2022.103/amsbashrc.sh写到~/.bashrc文件最后一行,之后source ~/.bashrc即可提交作业。
  
 +具体参考:[[adf:pbsorlsf]]
adf/clusterfix.1665566732.txt.gz · 最后更改: 2022/10/12 17:25 由 liu.jun

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