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adf:buldpolymers [2019/05/30 12:27] – [2,设置连接点、连接方式] liu.jun | adf:buldpolymers [2023/10/01 21:02] (当前版本) – [聚合物固体的建模] liu.jun | ||
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======聚合物建模====== | ======聚合物建模====== | ||
- | 版本要求不低于AMS2019.102。本文以高抗冲聚苯乙烯(HIPS)为例演示AMS的聚合物建模功能。 | + | 版本要求不低于AMS2020.101。本文以高抗冲聚苯乙烯(HIPS)为例演示AMS的聚合物建模功能。 |
HIPS是一种低成本、易生产、易加工、低强度、抗冲击的热塑性塑料,是一种接枝聚合物,主链为聚苯乙烯,各向分支为聚丁二烯链。 | HIPS是一种低成本、易生产、易加工、低强度、抗冲击的热塑性塑料,是一种接枝聚合物,主链为聚苯乙烯,各向分支为聚丁二烯链。 | ||
行 6: | 行 6: | ||
=====一、单一组分聚合物建模====== | =====一、单一组分聚合物建模====== | ||
====1,导入单体、设置“连接点”==== | ====1,导入单体、设置“连接点”==== | ||
- | 这里以聚苯乙烯为例进行演示。ADFinput | + | 这里以纯的聚苯乙烯为例进行演示。AMSinput |
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行 14: | 行 14: | ||
用户也可以选择其他H原子作为连接点:选中H原子,点击窗口右边的“Set link point”旁边的“Replace”按钮,该H原子就成为了新的连接点。下面的步骤中,用户可以根据需要指定连接方式。 | 用户也可以选择其他H原子作为连接点:选中H原子,点击窗口右边的“Set link point”旁边的“Replace”按钮,该H原子就成为了新的连接点。下面的步骤中,用户可以根据需要指定连接方式。 | ||
- | 用户也可以自建单体:在ADFinput中,创建分子或通过File → Import Coordinates导入分子均可。然后自定义“连接点”即可进行后面的操作。 | + | 用户也可以自建单体:在AMSinput中,创建分子或通过File → Import Coordinates导入分子均可。然后自定义“连接点”即可进行后面的操作。 |
====2,设置连接方式==== | ====2,设置连接方式==== | ||
- | 设置聚合物的单体数量:Mononmer repeats输入单体数量,例如200。则生成的聚合物包含总共200个单体。 | + | 设置聚合物的单体数量:Mononmer repeats输入单体数量,例如200,则生成的聚合物包含总共200个单体。 |
- | 点击Link旁边的➕,选择连接方式,例如: | + | 点击“Links”旁边的➕,选择连接方式,例如: |
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- | 权重是描述这种连接方式,在聚合物中的占比。用户只要输入相对比例即可,程序会自动计算百分比。例如这里只有一种连接方式,所以默认weight为1。如果有多种连接方式,各种占比相同,则可以都用默认weight:1。可以灵活调整该数值为正数即可。 | + | 权重是描述这种连接方式,在聚合物中的占比。用户只要输入相对比例即可,程序会自动计算百分比。例如这里只有一种连接方式,所以默认weight为1。如果有多种连接方式,如果各种占比相同,则可以都用默认weight:1。用户可以灵活调整该数值为正数即可。 |
随机性:勾选Random seed选项,程序会自动随机地生成聚合物结构。当然对于纯的聚苯乙烯而言,确定了两个连接点,实际上就没有随机性了。但是有多种组分的时候,随机性就会发生作用了。 | 随机性:勾选Random seed选项,程序会自动随机地生成聚合物结构。当然对于纯的聚苯乙烯而言,确定了两个连接点,实际上就没有随机性了。但是有多种组分的时候,随机性就会发生作用了。 | ||
行 31: | 行 31: | ||
{{ : | {{ : | ||
- | ====3,使用UFF优化分子结构==== | + | ====3,使用力场优化分子结构==== |
- | 点击“Close”按钮,关闭建模窗口,切换到UFF模块优化分子结构: | + | 点击“Close”按钮,关闭建模窗口,切换到Force Field模块优化分子结构: |
{{ : | {{ : | ||
- | File → Save as保存并运行任务,任务结束,窗口弹出是否更新分子结构的提示,点击yes,将得到合理的聚合物分子结构。提交任务更详细的设置,参考:[[adf: | + | File → Save as保存并运行任务。任务结束后,窗口弹出是否更新分子结构的提示,点击yes,将得到合理的聚合物分子结构。提交任务更详细的设置,参考:[[adf: |
=====二、HIPS的建模===== | =====二、HIPS的建模===== | ||
====1,导入单体、设置“连接点”==== | ====1,导入单体、设置“连接点”==== | ||
- | 打开ADFinut,如上类似的方式,导入styrene、1, | + | 打开AMSinut,如上类似的方式,导入styrene、1, |
====2,设置连接点、连接方式 ==== | ====2,设置连接点、连接方式 ==== | ||
行 57: | 行 57: | ||
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+ | =====三、聚合物固体的建模===== | ||
+ | 如上只是建立了聚合物分子,从聚合物分子生成固体,需要先创建低密度分子混合物,然后逐渐将其压缩。之所以创建低密度分子混合物,是因为采用Packmol随机刚性堆叠时,分子的间距是有要求的,一般分子间最小距离不小于 2.5 Å,因此刚性堆叠并不能生成高密度体系。 | ||
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+ | 过程参考:[[adf: |