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--- adf:2d-peda [2017/08/01 11:15] – [第四步：结果查看] liu.jun
+++ adf:2d-peda [2024/02/08 19:18] (当前版本) – [如何进行二维周期性体系的结合能（吸附能）、能量分解pEDA] liu.jun
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-======如何进行二维周期性体系的结合能、能量分解pEDA======
+======【入门基础教程】如何进行二维周期性体系的结合能（吸附能）、能量分解pEDA======
 BAND中的二维体系是真正的二维体系，并不需要加真空层。在Main菜单中，Periodicity一栏显示的是Slab。因此BAND对二维、一维体系的计算效率高于VASP等平面波程序。
-=====第一步：建模======
+**由于pEDA分析支持正常k空间布点，而NOCV则只支持Gamma点，因此建议二者分别计算。**本文使用AMS2019.301以上的版本完成。
+=====模型=====
-如果是石墨烯等片层结构，如果有CIF文件的话，可以直接通过File > Coordinates Import导入到ADFinput中，之后在Main菜单中将Periodicity设置为Slab即可。如果是三维晶体，比如体心立方的铁晶体。那么应该先将CIF文件导入ADFinput中，然后切割成二维体系，切割方法参考[[adf:slice|]]。
+二维周期性体系的建模，参考：[[adf:slice]]这里我们用现成的模型：
+<code>
-然后点击Edit > Crystal > Generate Super Cell。设置超胞为2*2：
+    Atoms
+        Mg 0.5952900648117065 0.5952714085578918 1.669389009475708
-{{:adf:2d-peda04.png|}}
+        Mg 2.083763837814331 -0.8932194709777832 -0.3998482525348663
+        Mg -2.381629705429077 0.5952858924865723 1.650922179222107
-之后，在表面创建H<sub>2</sub>分子:左键点击窗口下方的H按钮，然后在合适的位置左键点击2次，即创建好H<sub>2</sub>分子：
+        Mg -0.8931822776794434 -0.8931437730789185 -0.3998597264289856
+        O 2.0837242603302 -0.8932545781135559 1.721166849136353
-{{:adf:2d-peda05.png|}}
+        O -0.8931580781936646 -0.8930988311767578 1.721139311790466
+        O 0.5958311557769775 0.5952631831169128 -0.4591511785984039
-之后可以对键长和键角进行调整，调整方式参考[[adf:精确调整键长_键角_二面角|]]。
+        O -2.38149356842041 0.595311164855957 -0.4593693315982819
+        O 0.5951411128044128 0.5954184532165527 4.201965808868408
+        C 0.5957195162773132 0.5962072014808655 5.353646278381348
+    End
+    Lattice
+.976919651031494 -2.976919651031494 0.0
+.976919651031494 2.976919651031494 0.0
+    End
+</code>
+把这段数据直接复制到Input窗口即可。**注意，此时Main窗口的Periodicity自动修改为Slab了，也就是一个真正的二维材料，用户不需要手动添加真空层，因为上下表面为半无限大的真空。晶格常数也是2*2矩阵而非3*3矩阵**
 ======第二步：设置计算参数======
 严格的说，需要先对吸附模型进行结构优化，但本例仅仅为了演示pEDA的功能，因此省去了结构优化，而假定上述得到的结构是优化好的结构。设置参数如下：
-{{:adf:2d-peda06.png|}}
+{{ :adf:2d-peda06.png?650 }}
-注意，泛函、基组的选择，请参考[[adf:functional|]]、[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]
+注意，泛函、基组的选择，请参考[[adf:functional|]]、[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组2020]]。这里是研究弱键吸附作用，因此选择色散修正泛函-D3(BJ)。
-如果有原子不在Cell范围内，通过Edit > Crystal > Map Atoms to Cell。因为进行pEDA计算的时候，如果有原子不在Cell范围内可能会报错。
+将CO和MgO表面分成2个区，分区方法参考[[adf:creatregion|]]，如下图：
-将H2和铁表面分成2个区，分区方法参考[[adf:creatregion|]]，如下图：
+{{ :adf:2d-peda07.png?650 }}
-{{:adf:2d-peda07.png|}}
-设置其他参数：
+设置K点越大越精确，但计算量也越大：
-{{:adf:2d-peda08.png|}}
+{{ :adf:2d-peda08.png?650 }}
-{{:adf:2d-peda09.png|}}
+勾选该选项，即开启pEDA功能
+{{ :adf:2d-peda09.png?650 }}
 设置完成后，File > Save As保存任务。
 ======第三步：运行任务======
-提交任务的方式，参考[[adf:maintance|]]
+提交任务的方式，参考[[adf:maintance|]]。如果提交到Linux系统，参考：[[adf:submitfragment_lsf]]
 ======第四步：结果查看======
+SCM - Output - Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。
+<code>
+   P E D A   E n e r g y   T e r m s
+  -------------------------------------------------------------------
+                      au           eV     kcal/mol       kJ/mol
+  -------------------------------------------------------------------
-查看结果文件，参考[[adf:showresults|]]。
+ Main bond energy terms
+   E_Pauli  |    0.01316        0.358         8.26         34.6
-打开*.out文件，点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。其中<color blue>△E<sub>int</sub>表示两个分区之间的**结合能**</color>。其他各项能量的含义，请参考[[adf:peda能量各项的含义|]]。
+   E_disp   |   -0.00549       -0.149        -3.45        -14.4
+   E_elstat |   -0.00829       -0.226        -5.20        -21.8
+   E_orb    |   -0.00702       -0.191        -4.40        -18.4
+            |  ---------    ---------    ---------    ---------
+   E_int    |   -0.00764       -0.208        -4.79        -20.1
+</code>
+其中<color blue>△E<sub>int</sub>表示两个分区之间的**结合能**，对本体系，也就是吸附能</color>。其他各项能量的含义，请参考[[adf:peda能量各项的含义|]]。

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