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adf:1d-peda [2019/09/27 14:17] – [第二步:设置参数] liu.jun | adf:1d-peda [2020/11/30 16:33] (当前版本) – [如何进行一维周期性体系的结合能、能量分解pEDA] liu.jun | ||
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======如何进行一维周期性体系的结合能、能量分解pEDA====== | ======如何进行一维周期性体系的结合能、能量分解pEDA====== | ||
- | BAND的一维是真正的一维体系,不需要加真空。本例以碳纳米管内吸附H< | + | BAND的一维是真正的一维体系,不需要加真空,在一维材料外围是无限大的真空,从而使得BAND在精度和计算效率方面均优于平面波程序。**由于pEDA分析支持正常k空间布点,而NOCV则只支持Gamma点,因此建议二者分别计算。**本文使用AMS2019.301以上版本完成。 |
- | + | =====模型===== | |
- | =====第一步:建模====== | + | 这里我们跳过了结构优化的步骤。直接给出优化后的结构: |
- | + | < | |
- | ADF本身没有创建纳米管的功能,可以使用VNL(免费,可以在费米科技官网在线申请),很轻松的创建碳纳米管等模型,注意设置管的朝向为x轴方向。创建完毕之后,Export为CIF文件。ADFinput中,File > Coordinates Import导入,之后将Main菜单中Periodicity从Bulk(表示三维)改为Chain(表示一维)。 | + | Atoms |
- | + | H 0.4137584865093231 -1.364407896995544 -0.1048367694020271 | |
- | 然后CTRL A 选中所有原子,通过Edit > Crystal > Set Cell Center,以及Edit > Crystal > Map Atoms To Unit Cell将纳米管放置在Cell中心: | + | H 3.905043363571167 |
- | + | O -1.776240348815918 -0.0372278243303299 0.1618054360151291 | |
- | {{:adf:1d-peda01.png|}} | + | O 1.821238875389099 0.03570600971579552 0.2059087008237839 |
- | + | | |
- | 点击窗口下方的“H”按钮,在Cell中心区域,连续点击两次则创建好了H<sub>2</ | + | |
- | + | H -0.3535199165344238 1.359930753707886 0.4157731831073761 | |
- | {{:adf:1d-peda02.png|}} | + | H 3.295168399810791 1.394378900527954 0.39700847864151 |
- | + | | |
- | 为能量分解设置片段区域,设置方法,如果没有做过的话,务必参考[[adf: | + | C 2.724980115890503 0.945950984954834 -0.4311369955539703 |
- | + | O 0.03939072415232658 0.2860212028026581 -1.339725971221924 | |
- | {{: | + | O 3.576916217803955 0.3126263022422791 -1.369324088096619 |
+ | C 0.9520775079727173 -0.6158681511878967 -0.7048302292823792 | ||
+ | C 4.457893371582031 -0.6303196549415588 -0.7661175131797791 | ||
+ | H 1.498764157295227 -1.074758529663086 -1.543194055557251 | ||
+ | H 4.984376907348633 -1.096200942993164 -1.611913681030273 | ||
+ | O -0.781221330165863 -0.4054707288742065 -4.007828235626221 | ||
+ | H -0.4269334971904755 -1.302894949913025 -4.186177730560303 | ||
+ | H -0.4472250938415527 -0.1933794617652893 -3.102663278579712 | ||
+ | End | ||
+ | Lattice | ||
+ | 7.144288539886475 0.0 0.0 | ||
+ | End | ||
+ | </ | ||
+ | 把这段数据直接复制到Input窗口即可。注意,此时Main窗口的Periodicity自动修改为Chain了,也就是一个真正的一维材料,外围为无限大的真空。 | ||
=====第二步:设置参数====== | =====第二步:设置参数====== | ||
- | 设置参数如下: | + | 参数设置详细介绍,参考:[[adf: |
- | 泛函、基组的选择,可以参考[[adf: | + | {{ : |
- | + | 体系分成吸附水分子、聚合物2个区,分区方法参考[[adf: | |
- | {{: | + | {{ : |
- | + | 设置K点越大越精确,但计算量也越大: | |
- | {{: | + | {{ : |
- | + | 勾选该选项,即开启pEDA功能 | |
- | {{: | + | {{ : |
- | + | ||
- | {{: | + | |
- | + | ||
- | 关于k点的设置:2019版可以用默认k点设置,也可以在Details → K-Space Integration → Number of Points输入具体k点个数,例如7;之前的版本需要选择Gamma Only(或设置k点个数为1) | + | |
设置完成后,File > Save As,保存任务。 | 设置完成后,File > Save As,保存任务。 | ||
======第三步:运行任务====== | ======第三步:运行任务====== | ||
- | 提交任务的方式,参考[[adf: | + | 提交任务的方式,参考[[adf: |
======第四步:结果查看====== | ======第四步:结果查看====== | ||
- | 查看结果文件,参考[[adf: | + | SCM - Output - Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。 |
+ | |||
+ | < | ||
+ | P E D A E n e r g y T e r m s | ||
+ | ------------------------------------------------------------------- | ||
+ | PBE | ||
+ | ------------------------------------------------------------------- | ||
- | 打开*.out文件,点击Properties | + | Main bond energy terms |
+ | | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | | ||
+ | | --------- | ||
+ | | ||
+ | </code> | ||
+ | 其中<color blue>△E< |