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--- adf:1d-peda [2017/08/01 11:01] – [如何进行一维周期性体系的能量分解pEDA] liu.jun
+++ adf:1d-peda [2020/11/30 16:33] (当前版本) – [如何进行一维周期性体系的结合能、能量分解pEDA] liu.jun
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 ======如何进行一维周期性体系的结合能、能量分解pEDA======
-BAND的一维是真正的一维体系，不需要加真空。本例以碳纳米管内吸附H<sub>2</sub>为例说明pEDA的使用。
+BAND的一维是真正的一维体系，不需要加真空，在一维材料外围是无限大的真空，从而使得BAND在精度和计算效率方面均优于平面波程序。**由于pEDA分析支持正常k空间布点，而NOCV则只支持Gamma点，因此建议二者分别计算。**本文使用AMS2019.301以上版本完成。
+=====模型=====
-=====第一步：建模======
+这里我们跳过了结构优化的步骤。直接给出优化后的结构：
+<code>
-ADF本身没有创建纳米管的功能，可以使用VNL（免费，可以在费米科技官网在线申请），很轻松的创建碳纳米管等模型，注意设置管的朝向为x轴方向。创建完毕之后，Export为CIF文件。ADFinput中，File > Coordinates Import导入，之后将Main菜单中Periodicity从Bulk（表示三维）改为Chain（表示一维）。
+    Atoms
+        H 0.4137584865093231 -1.364407896995544 -0.1048367694020271
-然后CTRL A 选中所有原子，通过Edit > Crystal > Set Cell Center，以及Edit > Crystal > Map Atoms To Unit Cell将纳米管放置在Cell中心：
+        H 3.905043363571167 -1.368606209754944 -0.1630810648202896
+        O -1.776240348815918 -0.0372278243303299 0.1618054360151291
-{{:adf:1d-peda01.png|}}
+        O 1.821238875389099 0.03570600971579552 0.2059087008237839
+        H -1.408504962921143 1.645284414291382 -1.043372511863708
-点击窗口下方的“H”按钮，在Cell中心区域，连续点击两次则创建好了H<sub>2</sub>分子。调整到合适的位置，参考[[adf:adfinput常用快捷键|]]、[[adf:精确调整键长_键角_二面角|]]
+        H 2.18213939666748 1.707667112350464 -1.009295344352722
+        H -0.3535199165344238 1.359930753707886 0.4157731831073761
-{{:adf:1d-peda02.png|}}
+        H 3.295168399810791 1.394378900527954 0.39700847864151
+        C -0.8852173686027527 0.8954787254333496 -0.4305866062641144
-为能量分解设置片段区域，设置方法，如果没有做过的话，务必参考[[adf:creatregion|]]
+        C 2.724980115890503 0.945950984954834 -0.4311369955539703
+        O 0.03939072415232658 0.2860212028026581 -1.339725971221924
-{{:adf:1d-peda03.png|}}
+        O 3.576916217803955 0.3126263022422791 -1.369324088096619
+        C 0.9520775079727173 -0.6158681511878967 -0.7048302292823792
+        C 4.457893371582031 -0.6303196549415588 -0.7661175131797791
+        H 1.498764157295227 -1.074758529663086 -1.543194055557251
+        H 4.984376907348633 -1.096200942993164 -1.611913681030273
+        O -0.781221330165863 -0.4054707288742065 -4.007828235626221
+        H -0.4269334971904755 -1.302894949913025 -4.186177730560303
+        H -0.4472250938415527 -0.1933794617652893 -3.102663278579712
+    End
+    Lattice
+.144288539886475 0.0 0.0
+    End
+</code>
+把这段数据直接复制到Input窗口即可。注意，此时Main窗口的Periodicity自动修改为Chain了，也就是一个真正的一维材料，外围为无限大的真空。
 =====第二步：设置参数======
-设置参数如下：
+参数设置详细介绍，参考：[[adf:singlepoint_band]]。这里由于研究表面吸附，存在弱键，因此使用色散修正泛函-D3(BJ)。元素较轻，因此DZP基组即可：
-泛函、基组的选择，可以参考[[adf:functional|]]、[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|对同一种元素的不同原子指定不同基组]]
+{{ :adf:1d-peda04.png?650 }}
+体系分成吸附水分子、聚合物2个区，分区方法参考[[adf:creatregion|]]，如下图：
-{{:adf:1d-peda04.png|}}
+{{ :adf:1d-peda05.png?650 }}
+设置K点越大越精确，但计算量也越大：
-{{:adf:1d-peda05.png|}}
+{{ :adf:1d-peda06.png?650 }}
+勾选该选项，即开启pEDA功能
-{{:adf:1d-peda06.png|}}
+{{ :adf:1d-peda07.png?650 }}
-{{:adf:1d-peda07.png|}}
 设置完成后，File > Save As，保存任务。
 ======第三步：运行任务======
-提交任务的方式，参考[[adf:maintance|]]
+提交任务的方式，参考[[adf:maintance|]]。如果提交到Linux系统，参考：[[adf:submitfragment_lsf]]
 ======第四步：结果查看======
-查看结果文件，参考[[adf:showresults|]]。
+SCM - Output - Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。
+<code>
+   P E D A   E n e r g y   T e r m s
+  -------------------------------------------------------------------
+  PBE                 au           eV     kcal/mol       kJ/mol
+  -------------------------------------------------------------------
-打开*.out文件，点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。各项能量的含义，请参考[[adf:peda能量各项的含义|]]。
+ Main bond energy terms
+   E_Pauli  |    0.01221        0.332         7.66         32.0
+   E_disp   |   -0.00221       -0.060        -1.39         -5.8
+   E_elstat |   -0.01050       -0.286        -6.59        -27.6
+   E_orb    |   -0.00982       -0.267        -6.16        -25.8
+            |  ---------    ---------    ---------    ---------
+   E_int    |   -0.01032       -0.281        -6.48        -27.1
+</code>
+其中<color blue>△E<sub>int</sub>表示两个分区之间的**结合能**</color>。其他各项能量的含义，请参考[[adf:peda能量各项的含义|]]。

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