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ADF已经自动包含了MPI等并行运算工具,不需要额外的编译。事实上重新编译对计算速度影响也很小。 1,Linux
1)单个工作站: 直接运行*.run文件:
如果不设置NSCM,那么提交任务的时候,自动以该节点最大核数并行,无论是否有其他进程在运行中。 如果要指定并行数,则在任务提交前命令行执行export NSCM=N即可,N表示您希望的并行数。
在这种运行方式下,系统的NSCM直接生效。即环境变量中设置的NSCM=N,则运行的时候,并行数即为N。N不能大于license允许的核数。如果没有设置NSCM,那么NSCM则自动赋值为运行计算的计算机的总核数。
集群: 通过PBS脚本或者LSF脚本,将ADF的环境变量写入脚本,然后提交该脚本即可。如下是一个LSDF脚本范例(最后两行是关于ADF软件及运行的):
#!/bin/sh APP_NAME=intelg_small NP=16 NP_PER_NODE=4 RUN="RAW" source /home-gg/users/nscc1143/ADF/adf2014.06/adfrc.sh /home-gg/users/nscc1143/ADF/*.run >out
PBS脚本也是类似的,只需要在标准脚本的基础上,写入最后两行相关的内容即可。
2)使用图形界面提交任务
使用图形界面提交任务,环境变量中NSCM的设置不能直接起效,而被图形界面中的Sequential或者interactive两种Queue中的NSCM所覆盖。改动方式:
ADFjobs界面:Queue — Edit Queue — Sequential,将export NSCM“改为export NSCM=N” (其中N为希望设置的并行数,例如4、8、14等等。N必须小于或等于license许可并行数)
另外,可以将Queue — Edit Queue — interactive,中的export NSCM“改为export NSCM=N”(其中N为希望设置的并行数,例如4、8、14等等。N必须小于或等于license许可并行数)
Sequential和interactive的区别:
前者:所有任务次第执行 后者:所有任务一起运行
在ADFinput界面使用File — run提交,则默认采用Sequential方式。如果要改成Interactive方式运行,可以在ADFjobs界面,选中需要运行的任务,然后为它们指定为Interactive队列(指定方式:按住Shift键,选中多个任务后,Queue — Interactive),然后在这些任务呗选中的状态下,点击jobs — run,那么被选中的任务就按照Interactive的方式运行。
2,Windows
与Linux“使用图形界面提交任务”相同