adf:二维周期性体系的能量分解peda

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--- adf:二维周期性体系的能量分解peda [2016/05/10 23:41] – [第三步：运行任务] liu.jun
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-======如何进行二维周期性体系的能量分解pEDA======
-BAND中的二维体系是真正的二维体系，并不需要加真空层。在Main菜单中，Periodicity一栏显示的是Slab。因此BAND对二维、一维体系的计算效率高于VASP等平面波程序。
-=====第一步：建模======
-如果是石墨烯等片层结构，如果有CIF文件的话，可以直接通过File > Coordinates Import导入到ADFinput中，之后在Main菜单中将Periodicity设置为Slab即可。如果是三维晶体，比如体心立方的铁晶体。那么应该先将CIF文件导入ADFinput中，然后切割成二维体系，切割方法参考[[adf:从三维晶体切割出二维表面|]]。
-然后点击Edit > Crystal > Generate Super Cell。设置超胞为2*2：
-{{:adf:2d-peda04.png|}}
-之后，在表面创建H<sub>2</sub>分子:左键点击窗口下方的H按钮，然后在合适的位置左键点击2次，即创建好H<sub>2</sub>分子：
-{{:adf:2d-peda05.png|}}
-之后可以对键长和键角进行调整，调整方式参考[[adf:精确调整键长_键角_二面角|]]。
-======第二步：设置计算参数======
-严格的说，需要先对吸附模型进行结构优化，但本例仅仅为了演示pEDA的功能，因此省去了结构优化，而假定上述得到的结构是优化好的结构。设置参数如下：
-{{:adf:2d-peda06.png|}}
-注意，泛函、基组的选择，请参考[[adf:不同泛函的选择|]]、[[adf:一般情况下_如何选择基组basis_set|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|]]
-如果有原子不在Cell范围内，通过Edit > Crystal > Map Atoms to Cell。因为进行pEDA计算的时候，如果有原子不在Cell范围内可能会报错。
-将H2和铁表面分成2个区，分区方法参考[[adf:如何创建分区|]]，如下图：
-{{:adf:2d-peda07.png|}}
-设置其他参数：
-{{:adf:2d-peda08.png|}}
-{{:adf:2d-peda09.png|}}
-设置完成后，File > Save As保存任务。
-======第三步：运行任务======
-提交任务的方式，参考[[adf:parallel|]]
-======第四步：结果查看======
-查看结果文件，参考[[adf:结果文件查看|]]。
-打开*.out文件，点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。各项能量的含义，请参考[[adf:peda能量各项的含义|]]。

adf/二维周期性体系的能量分解peda.1462894881.txt.gz · 最后更改: 2016/05/10 23:41 由 liu.jun

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