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adf:一维周期性体系的能量分解peda

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adf:一维周期性体系的能量分解peda [2016/05/10 23:42] – [第二步:设置参数] liu.junadf:一维周期性体系的能量分解peda [2016/05/18 15:58] (当前版本) – 移除 liu.jun
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-======如何进行一维周期性体系的能量分解pEDA====== 
  
-BAND的一维是真正的一维体系,不需要加真空。本例以碳纳米管内吸附H<sub>2</sub>为例说明pEDA的使用。 
- 
-=====第一步:建模====== 
- 
-ADF本身没有创建纳米管的功能,可以使用VNL(免费,可以在费米科技官网在线申请),很轻松的创建碳纳米管等模型,注意设置管的朝向为x轴方向。创建完毕之后,Export为CIF文件。ADFinput中,File > Coordinates Import导入,之后将Main菜单中Periodicity充Bulk(表示三维)改为Chain(表示一维)。 
- 
-然后CTRL A 选中所有原子,通过Edit > Crystal > Set Cell Center,以及Edit > Crystal > Map Atoms To Unit Cell将纳米管放置在Cell中心: 
- 
-{{:adf:1d-peda01.png|}} 
- 
-点击窗口下方的“H”按钮,在Cell中心区域,连续点击两次则创建好了H<sub>2</sub>分子。调整到合适的位置,参考[[adf:adfinput常用快捷键|]]、[[adf:精确调整键长_键角_二面角|]] 
- 
-{{:adf:1d-peda02.png|}} 
- 
-为能量分解设置片段区域,设置方法,如果没有做过的话,务必参考[[adf:如何创建分区|]] 
- 
-{{:adf:1d-peda03.png|}} 
- 
-=====第二步:设置参数====== 
- 
-设置参数如下: 
- 
-泛函、基组的选择,可以参考[[adf:functional|]]、[[adf:choosebasisset|]]、[[adf:对同一种元素的不同原子指定不同基组|对同一种元素的不同原子指定不同基组]] 
- 
-{{:adf:1d-peda04.png|}} 
- 
-{{:adf:1d-peda05.png|}} 
- 
-{{:adf:1d-peda06.png|}} 
- 
-{{:adf:1d-peda07.png|}} 
- 
-设置完成后,File > Save As,保存任务。 
-======第三步:运行任务====== 
- 
-提交任务的方式,参考[[adf:parallel|]] 
- 
-======第四步:结果查看====== 
- 
-查看结果文件,参考[[adf:结果文件查看|]]。 
- 
-打开*.out文件,点击Properties > PEDA Energy Terms即可看到能量分解的情况。各项能量的含义,请参考[[adf:peda能量各项的含义|]]。 
adf/一维周期性体系的能量分解peda.1462894976.txt.gz · 最后更改: 2016/05/10 23:42 由 liu.jun

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